מנהלי בתי הספר מרגישים שכבלו את ידיהם. מצד אחד משרד החינוך מחייב אותם לקיים את המבחנים ומנגד אינו מספק להם מענה ממשי להתמודדות עם המצב הבעייתי. יו"ר תא המנהלים בהסתדרות המורים, דליה פרץ, הסבירה: "רוב המנהלים לא האמינו שיתקיימו בסופו של דבר בחינות המיצ"ב. בהרבה מקומות הורים הודיעו שהם מסרבים לשלוח את הילדים או מסרבים שהם יעשו את הבחינה והמנהלים לא יודעים איך הם אמורים לפעול במצב כזה".
פרץ מדגישה: "המנהלים לא יודעים מה הם אמורים לעשות במצב כזה - לתת לילד להיבחן או לא, והאם זה חוקי או לא לתת לתלמידים להיבחן בניגוד לעמדת הוריהם?". מנהלת אחרת שיתפה בחששותיה לקראת בחינות המיצ"ב: "נוצר בלבול גדול מאוד, אנחנו לא יודעים כמה ילדים יגיעו וכמה ייעדרו ואיזה
ממוצע ציונים יהיה בעקבות זאת. זה סוג של חוסר הגינות כי אתה לא יודע איך להתנהל ואתה לא יודע עד כמה המבחן יציג את התמונה הנכונה".
ממשרד החינוך נמסר כי המיצ"ב מהווה חלק בלתי נפרד מפעילות בית הספר ועל כן יתקיים כסדרו, כפי שקבע גם בית הדין לעבודה. נציגי המשרד הבהירו כי אין צידוק לצעדים נגד קיום המבחנים, בעיקר לנוכח החלטת המשרד שלא לפרסם את הציונים ברמה הבית־ספרית, כדי לאפשר למוסדות החינוך לימוד מעמיק לאור התוצאות וכן לאור החלטת המשרד להקים ועדה שתבחן מחדש את מודל המבחנים הללו.