מנגד, במשרד החינוך טוענים כי המשרד מעביר למועצה האזורית אל קסום תקציבים ייחודיים לניהול המערך התפעולי של מערכת החינוך שבתחומה, כולל מוסדות החינוך שבפזורה הבדואית. עוד טוענים במשרד כי במהלך בדיקת תחום הסעת התלמידים במועצה, "עלתה תמונה מביכה החושפת אי סדרים חמורים בניהול תקציבי החינוך המועברים למועצה, ויותר, נחשפה תמונה מורכבת אודות דרכי העבודה של מנגנון המועצה בכל הקשור להפעלת מערכת החינוך".
במשרד הוסיפו כי "משרד החינוך פעל כמתחייב, אולם כתגובה לכך החליטה המועצה לפגוע בתלמידיה, עת בחרה להשבית את מוסדות החינוך בתחילת שנת הלימודים. פנייה לערכאות הובילה למתווה הבנות, שהוסכם ונחתם ע"י הצדדים, בחסות נציגי האוצר, אך כעת מבקשת מועצת אל קסום לחרוג מהמתווה המוסכם, ומעלה דרישות כספיות מופלגות, שתכליתן כיסוי גרעונות הנובעים בחלקם מהתנהלות לקויה, תפעול חובבני, ואי סדרים פנימיים במועצה. בפגישה בין הצדדים הבהירו נציגי המשרד כי האינטרס הציבורי הוא הפעלה סדירה ומלאה של מערכת החינוך יחד עם מחוייבות בלתי מתפשרת לפעילות גופי האכיפה והמינהל התקין. אנו מצרים על בחירת המועצה להשתמש בתלמידים ככלי ניגוח ובכך להרחיב את הפערים הלימודיים עוד יותר".
התרעות פיקוד העורף