התכנית כוללת מסילה להובלת נוסעים, מסילות להובלת מטענים, תחנות נוסעים, מסוף מטענים, תחנות תפעול ומבנים נוספים, הנדרשים לצורך תפעול המסילות, לאורך של למעלה מ – 180 ק"מ - בלב אחד האזורים הכי חשובים ורגישים בישראל, מבחינה אקולוגית ונופית – הנגב והערבה.
הרכבת מתוכננת לעבור גם ב - "ארץ המכתשים", אזור אשר הוכר בהחלטת ממשלה משנת 1992, כשטח שבו "גלומים ערכי טבע ייחודיים, בקנה מידה לאומי ובין לאומי, המחייבים נקיטת אמצעים מיוחדים, לשימור מצבם הטבעי ולמניעת פגיעה בהם".
בחברה להגנת הטבע מדגישים כי תכנית המסילה לאילת, הינה אחת מתכניות התחבורה היבשתית הגדולות והיקרות ביותר שהוצעו אי פעם בישראל, שנייה רק לפרויקט המטרו בגוש דן, שצפוי לשרת 2 מיליון נסיעות ביום, לעומת הרכבת לאילת, שצפויה לקיים 8.2 מיליון נסיעות בשנה בלבד.
"נתונים אלה לבדם, מראים את מידת חוסר התוחלת של הפרויקט. בנוסף, הנזקים הסביבתיים, הנופיים והאקולוגיים, בשטחים שבהם צפויה המסילה לעבור, יהיו חסרי תקדים ובלתי הפיכים כתוצאה מפיתוח מזיק ובלתי נדרש, אשר ינסה להצדיק את הקמת הפרויקט המגלומני".
בניסיון לבלום את האור הירוק של הוועדה להמשך תכנון וביצוע הפרוייקט יטענו השבוע בחברה להגנת הטבע כי הוא יתרום למשלם המיסים, מעט מאוד, אם בכלל, מבחינת איכות חייו, או יוקר המחיה ויביא לנזקים סביבתיים, נופיים ואקולוגיים לאורך תוואי המסילה, לרבות באזורים טבעיים ובלתי נגועים לחלוטין.