עם כניסת החג אתמול (רביעי) ירדו ריכוזי תחמוצות החנקן - המהווים סמן לזיהום אוויר מכלי-רכב – ברוב התחנות התחבורתיות בחיפה, בגוש דן ובירושלים. ריכוזי השיא של תחמוצות החנקן ביום הכיפורים היו נמוכים מאוד באופן מובהק. תחמוצות החנקן (NOx) גורמות לסימפטומים שונים של מחלות בדרכי הנשימה ולהקטנת עמידות הגוף בפני חיידקים ונגיפים.
במשרד להגנת הסביבה אומרים כי השיפור הקל באיכות האוויר ביום כיפור מדגים את ההשפעה של התחבורה כמקור העיקרי לזיהום האוויר במרכזי הערים הגדולות: "כמו בכל יום כיפור, הירידה נרשמה בתחמוצות חנקן ובמזהמי אוויר הנפלטים מתחבורה. עבור חלקיקים העוברים בדרכי הנשימה שחלקם ממקור טבעי וגם במזהמים שניוניים (כמו למשל אוזון), אין בהכרח ירידה ביום הכיפורים".
כיוון שהתעשייה הגדולה בישראל ממשיכה לפעול גם ביום הכיפורים, באזורים הסמוכים למתחמים של בתי הזיקוק בחיפה ובאשדוד נרשמה עלייה בריכוזי הבנזן קצרי הטווח בין ערב יום הכיפורים ליום הכיפורים, אולם באופן שלא חרג מהתקן היממתי. בנזן הוא חומר מסרטן ודאי לאדם בחשיפה ארוכת טווח.