בדיקה ראשונית של מקור מטרד הריח העוצמתי, שגרם קשיי נשימה לתושבים ביבנה, הוא מכון טיהור השפכים באשדוד. מדובר במט"ש הנמצא באזור התעשייה הצפוני של העיר ועל פי מידע שנמסר משם לאנשי המשרד להגנת הסביבה, הסיבה לכך היא תקלה משמעותית במערכת הטיפול הביולוגי, לאחר הזרמה של שפכים אסורים למתקן, כתוצאה מתקלה זו, חשו תושבים רבים בשכונת נאות שמיר ביבנה צריבות בעיניים וקשיי נשימה. על פי הערכת גורמי המקצוע, כיווני הרוח והשינויים בהם במהלך הערב הובילו את הריחות הרעים אל שכונת נאות שמיר ביבנה.
המשרד להגנת הסביבה הדגיש בפני הנהלת המט"ש ומפעיליו את דחיפות הטיפול בתקלה, לאור ממצאי הניטור ותלונות התושבים. מפעילי המתקן נדרשו לעדכן את המשרד לאחר תיקון התקלה וחזרתו לפעילות מלאה. כמו כן נדרשים המפעילים לבצע תחקיר מקצועי מפורט, שיכלול את הסיבות לתקלה ואת הצעדים הנדרשים לצמצום הסיכון להישנות מקרים דומים.
כאמור, מבדיקה שנערכה מול מפעילי המכון לטיהור השפכים עולה כי קיימת תקלה משמעותית במערכת הטיפול הביולוגי, אשר יכולה להסביר את מפגעי הריח. לפי הדיווח הראשוני של המפעיל, מקור התקלה בהזרמה של שפכים אסורים למתקן.