כל קופה קבעה חברה בת שתנהל את הליך הנפקת המרשם או הרישיון עבור המטופלים, לאחר שקיבלו המלצה או הפניה מרופא מומחה בתחומו המורשה ע"י משרד הבריאות להמליץ על הסם.
הרפורמה קובעת כי בעשר התוויות הבאות יידרש מרשם בלבד: לחולים אונקולוגים במהלך טיפולי כימותרפיה או הקרנות; חולים במחלת מעי דלקתית; חולי טרשת נפוצה; חולי פרקינסון; תסמונת טורט; חולי איידס; אפילפסיה; הפרעה בספקטרום האוטיסטי; דמנציה; חולים במחלה סופנית. במצבים של פוסט טראומה (PTSD), כאב ומצבים רפואיים אחרים יידרש רישיון לצד מרשם שיונפקו באמצעות קופת החולים.
מרגע שהמטופל מקבל המלצה מרופא מומחה בתחומו לטיפול בקנביס רפואי המטופל יגיש בקשה במערכת הדיגיטלית שהוקמה על ידי מור. עם הגשת היא מועברת לטיפול עם התחייבות למענה מהיר של עד 5 ימים.
בעלי רישיון בתוקף אשר אמורים לעבור למסלול מרשם מרופא יכולים לבחור לעבור למסלול מרשם החל מ-1.4 או לכשיפוג מועד הרישיון שברשותם. משרד הבריאות קבע עוד כי אגרת הטיפול להנפקת מרשם תעלה 180 שקלים, והתעריף להנפקת רישיון יעמוד על 360 שקלים.