השלב הראשון לאחר הגעת הארונות למכון יכלול בין היתר בדיקה רפואית מלאה, ולפי הצורך סריקה יסודית באמצעות מכשיר CT מתקדם. הממצאים יועברו למומחים לרדיולוגיה שינתחו כל פרט וינסו להשוות בין הממצאים החדשים לבין צילומים רפואיים מהעבר, במטרה לזהות מאפיינים ייחודיים בגוף ובמבנה העצם. בתוך כך, צוות נוסף יחל בבדיקה אנתרופולוגית שתסייע בזיהוי על פי מבנה שלד, פגיעות ותהליכי אובדן והרס רקמות.
במקביל תתבצע בדיקה דנטלית מדוקדקת: מומחי השיניים של המכון ישוו בין מצב הלסתות והשיניים לבין נתונים קודמים שנשמרו בתיקים רפואיים, צילומי רנטגן קודמים ותיעוד מרופאי שיניים פרטיים. בדיקה זו נחשבת לאחת הדרכים המדויקות ביותר לזיהוי חללים, במיוחד כאשר נותרו שרידים חלקיים בלבד.
המכון באבו כביר נערך גם לאפשרות שחלק מהזיהויים יתעכבו בשל מצב הגופות לאחר זמן רב בשבי. במקרים כאלה תידרש עבודה משולבת של כמה תחומים, הכוללת עיבוד נתונים, השוואת מאפיינים אנטומיים והשוואת נתוני משקל וגובה. לעיתים, רק שילוב של כל הנתונים הללו מאפשר להגיע לוודאות מלאה.
בתוך כך נערכת במכון גם יחידת התמיכה הפסיכולוגית שמלווה את הצוותים עצמם. אנשי המקצוע שם חשופים באופן ישיר למראות קשים, והם פועלים במשמרות ממושכות. "אי אפשר להתרגל לזה באמת", אמר בעבר אחד העובדים הוותיקים, "אבל הידיעה שכל משפחה תקבל תשובה, זו הנחמה היחידה".
לאחר השלמת הבדיקות הראשוניות, צפוי הזיהוי המלא להסתיים בתוך שעות עד ימים בודדים. בשלב זה יועברו הממצאים לגורמים הרשמיים במשרד הבריאות ובמערכת הביטחון, והמשפחות תעודכנה באופן אישי. רק לאחר מכן יועברו הגופות לקבורה בהתאם לרצון המשפחות ולנהלי צה"ל.
התרעות פיקוד העורף