היערכות נרחבת במערכת הבריאות: בתי החולים נדרשים לתגבר את כוח האדם במחלקות לרפואה דחופה ובמחלקות הפנימיות, וכן במעבדות וביחידות ההדמיה, כדי לקצר זמני המתנה ולהפחית עומסים. נוסף לכך, על פי הנחיות המשרד, ניתן יהיה לצמצם פעילות אלקטיבית, לשחרר מטופלים מוקדם ולהעבירם לאשפוז המשכי או לאשפוז בית.
הגנה על אוכלוסיות בסיכון: חלק מרכזי מהתוכנית מוקדש להגנה על קשישים ודיירים במוסדות גריאטריים. החיסונים נגד שפעת וקורונה יסופקו ישירות למוסדות, והחיסון יינתן במקום לדיירים ולעובדים כאחד. במקרה של תחלואה נשימתית, יודגש טיפול מונע ומיידי במוסד עצמו כדי לצמצם הדבקות נוספות, והתרופות הנדרשות - לרבות טיפולים נגד שפעת וקורונה יסופקו על ידי קופות החולים בהתאם להסדרים החדשים.
במקביל, משרד הבריאות מדגיש את החשיבות שבהתחסנות נגד השפעת, שמומלצת לכל אדם מגיל חצי שנה ומעלה, ובמיוחד לבני 65 ומעלה ולאנשים בקבוצות סיכון. על פי נתוני המרכז הלאומי לבקרת מחלות, בעונת החורף שעברה נפטרו לפחות 422 בני אדם שאושפזו עם שפעת מאומתת, רובם מעל גיל 75. החיסון, שמבוסס על תחזית ארגון הבריאות העולמי לגבי זני השפעת הצפויים השנה, נועד להפחית את הסיכון לסיבוכים חמורים כמו דלקת ריאות, דלקת בשריר הלב ותמותה.
בנוסף, ניתן להתחסן גם נגד נגיף הקורונה בחיסון המעודכן לשנה זו, המגן מפני וריאנט JN.1. הנפוץ כעת בעולם. עובדי מערכת הבריאות מצופים להתחסן נגד שני הנגיפים ולנקוט באמצעי מיגון אישי בכל מפגש עם אוכלוסיות בסיכון. צוותים רפואיים מונחים לעטות מסכות בעת הטיפול, ועובדי בריאות הסובלים מתסמיני מחלה מתבקשים שלא להגיע לעבודה במשך חמישה ימים לפחות. בתוך כך, כלל המוסדות הרפואיים נדרשים לבצע מיפוי של תרופות ותכשירים חיוניים, להגדיל מלאים ולוודא היערכות למניעת מחסור בתרופות החורף.