פילוח הגילים של המפונים במלונות מציג צרכים רפואיים מגוונים הדורשים מענה מותאם. הנתונים מצביעים על כך שבין השוהים במלונות ישנם 40 תינוקות מתחת לגיל שנה, 205 ילדים בגילי 1 עד 4, 402 ילדים ובני נוער בגילי 7 עד 18 וכן 241 מפונים מעל גיל 65. בשל כך, המשרד הנחה את חטיבת בריאות הציבור לספק שירותי טיפת חלב בתוך המלונות או במרפאות סמוכות, ללא קשר לשיוך הקבוע של המבוטח. בתוך כך, תזונאיות מטעם לשכות הבריאות המחוזיות עומדות בקשר עם הנהלות המלונות כדי לספק ייעוץ בנושא הזנה מותאמת לאוכלוסיות אלו.
בתחום בריאות הנפש, הדיווח מציין כי צוותי חוסן פועלים מתחילת המבצע בעשרה מלונות שבהם ריכוז המפונים הוא הגבוה ביותר. עד כה הוענק טיפול נפשי ראשוני פרטני לכ-500 מפונים על ידי מטפלי מרכז החוסן הארצי. הטיפול כולל מתן כלים לוויסות רגשי וחיזוק המשאבים האישיים, כאשר במקרים הנדרשים מופעל נוהל חרדה להמשך טיפול. לצד המענה הישיר במלונות, מופעל מוקד טלפוני הפעיל 24 שעות ביממה להתמודדות עם מצבי לחץ. המערכת פועלת תחת ההנחה של אירוע רב נפגעים נפשי, המחייב תיעוד ושימור רצף טיפולי גם לאחר שהמפונים יעזבו את אתרי השהייה הזמניים.
האחריות על המענה הרפואי השוטף מוטלת על קופות החולים, הנדרשות לשמור על רצף טיפולי מלא. נציגי הקופות מבקרים במלונות ומספקים מידע על מרפאות ראשוניות, בדיקות מעבדה, מוקדי רפואה דחופה ובתי מרקחת הנמצאים בסמיכות למקום הפינוי. הקופות הונחו ליצור קשר גם עם מפונים שבחרו שלא לשהות במלונות אלא לעבור למגורים אצל משפחות, על מנת להבטיח שהם מקבלים את השירותים הרפואיים הנדרשים במידת הצורך. פעילות זו כוללת גם אספקת חיסונים וקידום אורח חיים בריא למניעת תחלואה כרונית וזיהומית בקרב השוהים במתחמים סגורים.
לשכות הבריאות המחוזיות מבצעות פיקוח שוטף במלונות, כאשר נציג מהלשכה אמור להגיע לאתר בתוך 12 שעות מרגע קליטת המפונים. נציגי בריאות הסביבה מבצעים ביקורות תברואה לבדיקת תנאי השהייה והתנאים הסביבתיים הנדרשים לשמירה על בריאות הציבור. במידה ועולים פערים שלא ניתן לפתור ברמה המקומית, הם מועברים לטיפול דרג המחוז או המכלול הארצי. לצורך ניהול האירוע הוטמעו מערכות מידע טכנולוגיות המאפשרות ניטור של פניות, מעקב אחר פריסה גאוגרפית וריכוז פערים בזמן אמת. המכלול מרכז גם את התיאום מול משרדי הממשלה האחרים, בהם משרדי הרווחה, התיירות והביטחון, במטרה לסנכרן את המענים הניתנים לאוכלוסייה.
התרעות פיקוד העורף