בית החולים היחיד שנבנה כולו באופן ממוגן הוא אסותא אשדוד, בו הפעילות נמשכת כרגיל. שאר בתי החולים החלו בהורדת המאושפזים למחלקות שבחניונים במהלך הלילה. בתי החולים ביטלו כאמור את הפעילות האמבולטורית המתוכננת הלא דחופה ושירותי מרפאות החוץ. חדר המיון, טיפולי הדיאליזה והטיפולים האונקולוגיים ממשיכים לפעול. חדרי הלידה, מחלקות הנשים והיולדות פועלים במתחם ממוגן, ובתי החולים נערכים להענקת שירותי טלרפואה לאלה שאינם יכולים להגיע.
בדוח נכתב שהעברת מחלקות למתחמים חלופיים כרוכה בקשיים רפואיים ותפעוליים, ושפערי המיגון עלולים להביא לצמצום ממושך של טיפולים, ניתוחים ושירותים אמבולטוריים. המבקר המליץ לגבש תוכנית לאומית רב שנתית ומתוקצבת להשלמת המיגון, לאחר שהתרחבות איום הטילים הפכה את בתי החולים בכל רחבי הארץ לחלק מחזית הלחימה.
גם קופות החולים עברו למתכונת חירום. מרפאות שאין בהן מרחב מוגן עשויות להיסגר או לפעול באופן מצומצם, בעוד שירותים רבים מועברים לשיחות טלפון, להתייעצות בווידאו ולפניות דיגיטליות. מטופלים הזקוקים לתרופות קבועות, להפניות, לאישורי מחלה או לייעוץ שאינו מחייב בדיקה גופנית מתבקשים להעדיף את השירותים מרחוק.
שירותים רפואיים דחופים בקהילה ממשיכים לפעול. 27 מרכזי טרם ברחבי הארץ פועלים בהתאם להנחיות פיקוד העורף ומעניקים שירותי רפואה דחופה, בדיקות דם מהירות, צילומי רנטגן ומעקב אורתופדי. המרכזים בבני ברק, ירושלים, מודיעין ואשדוד פועלים במתכונת של 24 שעות ביממה.
התרעות פיקוד העורף