מעבר ללב, עודף סידן עלול להשפיע גם על הכליות. נטילת סידן מיותרת או גבוהה מדי, במיוחד לצד מינונים גבוהים של ויטמין D, עלולה להעלות סיכון לאבני כליה אצל אנשים מסוימים. אבן סידן-אוקסלט היא אחת האבנים השכיחות במערכת השתן, והיא עלולה לגרום לכאב עז במותן, לדם בשתן, לבחילה ולעיתים לחסימה בדרכי השתן. גם כאן, מזון עשיר בסידן הוא לא בהכרח הבעיה, ולעיתים דווקא צריכת סידן מספקת מהמזון מסייעת לקשור אוקסלט במעי ולהפחית את ספיגתו. ההבדל נמצא בתוסף המרוכז, בעיתוי ובמינון.
לכן ההמלצה המעשית היא להתחיל מהמזון. מוצרי חלב, סרדינים עם עצמות, טחינה, קטניות, ירקות ירוקים מסוימים ומזונות מועשרים יכולים לספק חלק גדול מהצריכה היומית. תוסף נכנס לתמונה כשלא מגיעים לצריכה מספקת או כשיש אינדיקציה רפואית. גם אז, עדיף להתאים מינון, לפצל את הנטילה, לבדוק ויטמין D, לשקול תפקודי כליה, ולהתייעץ עם רופא במיוחד אצל מי שסובלים מאבני כליה, ממחלת כליות, ממחלות לב או אם אתם נוטלים תרופות קבועות.