על פי התחקיר הראשוני של הצבא, אודות האירועים שקדמו לירי המתנחלים בכפר בורקה ומותו של הפלסטיני מירי המתנחלים, עולה כי מספר מתנחלים יצאו עם עדר הצאן שלהם לכיוון הכפר. סמוך מאוד לכפר והם נתקלו בכ-80 פלסטינים שדרשו מהם לעזוב את השטח בגלל שמדובר בשטח פלסטיני פרטי.
העימות התגלגל מהר מאוד לעימות פיזי ומילולי כאשר למקום הגיעו גם עשרות יהודים נוספים. הפלסטינים טענו כבר בשלב הזה כי גם הוצת רכב פלסטיני. מתחקיר הצבא עולה כי במקום נמשכו ידוי אבנים משני הצדדים והפלסטינים ירו גם זיקוקים עד שכאמור אזרחים ישראלים שלפו נשק או נשקים ירו לעבר הפלסטינים, הרגו אחד מהם ופצעו ארבעה נוספים. כמו כן, נמצא גם רכב פלסטיני שרוף. בצה״ל מוטרדים מאוד מאפשרות של פיגועי נקם, ובעקבות האירוע הוחלט על הכרזת שטח צבאי סגור והצבת כוחות ביטחון נוספים.
התרעות פיקוד העורף