במסגרת הרפורמה בנמלים נפתחו שני נמלים חדשים - נמל המפרץ ונמל הדרום המופעלים על ידי גורמים פרטיים בינלאומיים. מדובר בשני מיזמי ענק בהיקף של מיליארדי שקלים כל אחד שפתיחתם הובילה לתחרות והתייעלות בשירות בענף הנמלים.
יצחקי הוביל את העברת המחלקות הימיות מנמלי הים הוותיקים לחברת נמלי ישראל, וביוזמתו הוקמו שתי חברות בת: תעבורה ימית חיפה ותעבורה ימית אשדוד, שאחראיות על כלל הפעולות לניהול התעבורה הימית בתחום הנמל.
במהלך שנות כהונתו השלימה חברת נמלי ישראל את הקמתם של מערכות התחבורה החדשות (כבישים ומסילות ברזל) לשיפור הגישה לנמלי חיפה ואשדוד, וכן הושלם פרויקט מנהרת התשתיות בנמל המפרץ, פרויקט ראשוני מסוגו בארץ.
במהלך מלחמת חברות ברזל, תחת ניהולו של יצחקי, הנמלים המהווים גורם חיוני ומרכזי בפעילות המשק בישראל, שמרו על רציפות תפקודית ופעילות שוטפת. לאורך כל תקופה זו מטענים חיוניים למשק כולל סחורות ביטחוניות, דלקים, מוצרי גלם ומוצרי צריכה שונים המשיכו להגיע לישראל ולא הורגש מחסור של אף מוצר.
במקביל לפעילות השוטפת של החברה, הוביל יצחקי עבודת מטה יסודית בראייה ארוכת טווח, גיבוש תוכניות אסטרטגיות וסימן את המשימות הבאות של חברת נמלי ישראל.
התרעות פיקוד העורף