הריחות הקשים בתחנה נובעים, בין היתר, ממעבר של רכבת המשמשת להובלת פסולת מספר פעמים ביום. התוצאה, כפי שמתארים הנוסעים, היא "קטסטרופלית".
מעבר לריחות, הנוסעים מתלוננים על תנאי ההמתנה בתחנה, שלטענתם אינם נסבלים. ספסלי הברזל, המוצבים תחת שמש קופחת, הופכים את ההמתנה לחוויה לא נעימה, והגג המיועד לספק צל אינו מצליח לעמוד במשימה.
לצד הריחות ותנאי ההמתנה, בעיה נוספת שמציינים הנוסעים היא הדוחק הרב בתחנה. כאשר רכבת מגיעה, עשרות נוסעים נאלצים להידחק בגרם מדרגות צר בכניסה וביציאה, דבר שיוצר תחושת אי-נוחות ואף סכנה.
כחלק מפעילותה להפחתת עומסי תנועה, הורדת משאיות כבישים לטובת שיפור בטיחות משתמשי הדרך והפחתת זיהום האוויר, מפעילה הרכבת רכבות המשנעות אשפה. כל רכבת כזו מורידה מהכבישים כ-60-70 משאיות ומביאה באופן מיידי לשיפור מרקם החיים בישראל.
רכבות האשפה מופעלות בעיקר בשעות הלילה ובשעות בהן מספר הנוסעים מועט. אולם לעיתים, בשל אילוצים תפעוליים, הן חולפות גם בשעות היום. נדגיש כי רכבות האשפה אינן עוצרות בתחנת קרית גת, ורק חולפות בה.
הרכבת פועלת לצמצום אי הנוחות באמצעות שימוש ביריעות איטום ריח על קרונות האשפה, וכן התקנת ריחנים תעשייתיים ברכבות המדוברות". תחנת קריית מלאכי יואב, כשמה כן היא, הינה תחנה אזורית המשרתת את תושבי המועצות האזוריות מסביבה (יואב, באר טוביה וכ'), והן את העיר קריית מלאכי. בתחנה קיימים מספר קווים מזינים מיישובי האיזור המסונכרנים באופן מיטבי עם שעות יציאת הרכבות מהתחנה.
דוגמאות דומות לתחנות המשרתות מספר יישובים ואיזורים קיימות בתחנות להבים-רהט, קיסריה פרדס חנה, יוקנעם כפר יהושע ועוד. יודגש כי מיקום תחנות הרכבת נקבע על ידי משרדי הממשלה הרלוונטיים.
התרעות פיקוד העורף