הדוח מתאר כיצד בתי חולים שנדרשו לקלוט פצועים רבים במלחמה פעלו תחת מגבלות מיגון, נאלצו להעביר פעילות למתחמים מוגנים בלבד, לצמצם אשפוזים וטיפולים, ובחלק מהמקרים לסגור מחלקות או להעביר מטופלים לבתי חולים אחרים.
במוקד הביקורת נמצאים בתי החולים הקרובים לגבול, אלה שאמורים להמשיך לתפקד גם בזמן מתקפת טילים, אירוע רב נפגעים או הסלמה ממושכת. מבקר המדינה מציין שב- 7 באוקטובר 2023, בעקבות הכרזה על מצב מיוחד בעורף, הנחיות פיקוד העורף חייבו את בתי החולים בטווח 0 עד 80 קילומטר מרצועת עזה להעביר את פעילותם למתחמים מוגנים בלבד, במתכונת שהוגדרה פעילות מצומצמת.
יומיים לאחר מכן, ב- 9 באוקטובר, הגדירה הרשות העליונה לאשפוז שבתי חולים נוספים יעברו גם הם לפעילות במתחמים מוגנים בלבד. לפי הדוח, אותם בתי חולים היו תחת מטחי אש כבדים מתחילת הלחימה וקלטו פצועים רבים. אחד מבתי החולים, שסומן בדוח כבית החולים ד', קלט ביממה הראשונה של הלחימה 241 פצועים, תוך שהוא סופג מטחי רקטות כבדים. בשבוע הראשון ללחימה הוא אף נפגע מפגיעה ישירה. בבתי חולים אחרים נקלטו עשרות פצועים נוספים בימים הראשונים למלחמה.
הדוח מדגיש פער נוסף: לא כל מתחם שאליו מועברת פעילות בזמן חירום הוא מתחם מוגן תקנית. אתרים שמוגדרים "הכי מוגן שיש" עשויים להיות אזורים פנימיים בתוך מבני בית החולים, או אזורים עם קירות חיצוניים ללא פתחים, מתחת לשתי תקרות או יותר, שלפחות אחת מהן מבטון. בפועל, לפי הדוח, מדובר באתרים שאינם מוגנים תקנית, אף שמותר להשתמש בהם במגבלות המופיעות בתיקי החירום של בתי החולים.
אחד המקרים הבולטים בדוח הוא בית החולים המכונה "ד", שהעביר את פעילותו למתחמים מוגנים בלבד מ- 7 באוקטובר 2023 ועד 15 בפברואר 2024. במתכונת זו הופעלו בין השאר מתחם תת קרקעי והמחלקה לרפואה דחופה הממוגנת. רק לאחר מכן הורחבה פעילות בית החולים באופן מדורג.
בתי החולים שסומנו בדוח כ"בתי החולים ב ו- ג" עברו גם הם למתכונת פעילות במרחבים מוגנים בלבד בדצמבר 2023. בדוח נכתב שכל האשפוזים והטיפולים ניתנו רק במרחבים מוגנים במחלקות עצמן ובמתחמים תת קרקעיים. בית החולים ב' חזר לפעילות שגרתית במרץ 2024, אבל בתשובתו למבקר ציין שבתקופות הסלמה לאחר מכן הועברו הטיפולים והאשפוזים שוב לפעילות במרחבים מוגנים בלבד, לעיתים למשכי זמן ארוכים.
בבית החולים ג' נסגרה באוקטובר 2023 מחלקה מסוימת, משום שהייתה ממוקמת במתחם שאינו מוגן. רק ביולי 2024, כמעט שנה לאחר מכן, לאחר שאותר מתחם מוגן, החל בית החולים להפעיל שם חלק ממיטות המחלקה. המבקר מציין שבאותו מחוז קיים מחסור כללי במיטות מאותה מחלקה, ולכן סביר שגם לאחר יולי 2024 נאלץ בית החולים להפנות את מרבית המטופלים שנזקקו לאותו טיפול לבתי חולים אחרים.
הנתונים על הפגיעה בפעילות בית החולים ג' חריפים במיוחד. במועד סיום הביקורת, בספטמבר 2024, בית החולים עדיין לא חזר לפעילות מלאה. בחודשים אוקטובר עד דצמבר 2023, בהשוואה לתקופה המקבילה בשנת 2022, נרשמה ירידה של 64% בשיעור התפוסה היומי הממוצע של מיטות האשפוז בפועל, ירידה של 86% במספר הניתוחים האלקטיביים הכרוכים באשפוז, וירידה של 72% במספר הניתוחים האלקטיביים שאינם כרוכים באשפוז.
בתשובת משרד הבריאות למבקר, שנמסרה בספטמבר 2025, ציין המשרד שהוא ממפה את צורכי מיגון מכשירי הדימות, כדי לשמור על תפקוד בתי החולים בשעת חירום. עם זאת, המשרד ציין שבשל מגבלות תקציב והעלות הגבוהה, טרם הושלמה פריסה רחבה של מכשור מוגן, ונדרש לכך תקציב משמעותי נוסף.
במשרד הבריאות מסרו למבקר שבמהלך מבצע עם כלביא לא נרשמו בעיות מיגון בבתי החולים, משום שהם עברו לפעילות במקומות מוגנים לאחר הפסקת הפעילות האלקטיבית והפחתת תפוסות האשפוז, ולכן כל המטופלים היו מוגנים. אבל באותה תשובה נכתב שתשתיות קריטיות עדיין אינן מוגנות. עוד נכתב שבעקבות הבנת האיום החדש במבצע, פיקוד העורף החמיר את הנחיות המיגון, וחלק מהאתרים שהוגדרו בעבר "הכי מוגן שיש" פונו. נציגי משרד הבריאות ופיקוד העורף סיירו בבתי החולים מדי יום כדי למצוא פתרונות מיגון, לרוב בחניונים תת קרקעיים.
"במסגרת זו הוקמו כ-5,200 מיטות ממוגנות נוספות בבתי החולים הכלליים ברחבי הארץ, בהשקעה כוללת של למעלה מ-600 מיליון ש"ח. במקביל קודמו עבודות מיגון לתשתיות קריטיות, הוקמו מערכות יתירות והותאמו מתחמי טיפול ואשפוז לפעילות בתנאי חירום, במטרה להבטיח המשך טיפול רפואי רציף ובטוח גם תחת איום ביטחוני מתמשך.
"לצד המענים המיידיים, משרד הבריאות מקדם שורה רחבה של פרויקטים להרחבת היקף המיטות הממוגנות בטווח הקצר, הבינוני והארוך. חלק מהפרויקטים כבר הושלמו, ואחרים נמצאים בשלבי ביצוע מתקדמים. בנוסף, מקודם מודל לאומי של עתודות אשפוז ממוגנות, הכולל הקמת מתחמי אשפוז תת קרקעיים דו שימושיים במספר מוקדים בארץ, שישמשו בשגרה כחניונים ובחירום יוסבו במהירות למתחמי אשפוז ממוגנים.
"במקביל פועל המשרד להרחבת הגמישות התפעולית של מערכת הבריאות באמצעות יצירת מחסנית לאומית של מיטות ממוגנות גם במוסדות רפואיים פרטיים, באופן שיאפשר פיזור עומסים ושמירה על רציפות טיפולית בעת חירום.
"נכון להיום, שיעור המיטות הממוגנות במערכת האשפוז עומד על כ-64%, לאחר שמספר המיטות הממוגנות הוכפל. פרויקטים נוספים שכבר תוקצבו צפויים להעלות את שיעור המיטות הממוגנות לכ-70% בשנים הקרובות".