רכבות בקווים באר שבע-נהריה ובאר שבע-כרמיאל יופעלו במתכונת מפוצלת: בין תחנות באר שבע מרכז ולוד, ובין תחנות תל אביב ההגנה ונהריה או כרמיאל. לנוסעים שיעדם או מוצאם הוא באר שבע מומלץ להשתמש בקו הנגב המערבי, העובר דרך תחנות שדרות, נתיבות ואופקים, שיפעל כסדרו.
גם קו אשקלון-בנימינה יופעל במתכונת מפוצלת, בין תחנות אשקלון ולוד ובין תחנות תל אביב ההגנה ובנימינה. רכבות בקו רחובות-נתניה יופעלו רק בין תחנות תל אביב סבידור מרכז ונתניה.
שינויים יחולו גם בקו בית שמש-נתניה. היום יופעלו הרכבות בקו זה בין בית שמש לתל אביב סבידור מרכז בלבד, ולא יעצרו בתחנות תל אביב האוניברסיטה, הרצליה, בית יהושע ונתניה. בימים שישי ומוצאי שבת יופעל הקו במתכונת מפוצלת, בין תחנות בית שמש ולוד, ובין תחנות תל אביב ההגנה ונתניה.
בנוסף, רכבות בקו אשקלון-בנימינה יחלו ויסיימו את נסיעתן בתחנת אשדוד במקום בתחנת אשקלון. נוסעים שיעדם או מוצאם באר שבע יוכלו להשתמש בקו העובר דרך קריית גת ולוד, שצפוי לפעול כסדרו.
כך, במשך שני סופי שבוע רצופים, נוסעי הרכבת בדרום, בשפלה ובמרכז ייאלצו להתמודד עם שינויים, פיצולים, ביטולי עצירות והחלפת אמצעי תחבורה. עבור רבים מהם, הדרך לעבודה, הביתה או לסוף השבוע צפויה להפוך למסובכת יותר, ארוכה יותר ובעיקר מתסכלת הרבה יותר.