במהלך ההפעלות נרשמו גם תקלות במערכות שאמורות לצמצם את הזיהום. ביחידה 4 אירעה תקלה במערכת לסינון חלקיקים וביחידה 2 התגלתה תקלה במערכת להפחתת פליטות גופרית. אף על פי כן פליטות חלקיקים גבוהות נמדדו גם במהלך הפעלת יחידות שבהן לא דווח על תקלה. בתחנות ניטור האוויר באזור לא נרשמו חריגות מהתקנים הסביבתיים בעקבות ההפעלות, אך במספר תחנות נמדדה עלייה בריכוזי תחמוצות גופרית.
מחוות הדעת עולה כי הישנות התקלות במערכות הפחתת הזיהום, לצד רמות החלקיקים הגבוהות שנמדדו בעת הפעלת היחידות, מחייבות בקרה מחמירה יותר לפני כל הפעלה נוספת, וכי יש לוודא כי חברת החשמל מבצעת בדיקה, תיקון ותחזוקה מלאים של המערכות שאמורות להפחית את פליטות החלקיקים, ולדרוש תיעוד מפורט של מקור כל תקלה, אופן הטיפול בה, הבדיקות שבוצעו לאחר התיקון והצעדים שננקטו כדי למנוע את הישנותה.
התרעות פיקוד העורף