בשנים שלאחר זכייתה בפרס נובל לכימיה המשיכה יונת במחקר פעיל סביב מבנה הריבוזום ותפקודו. בין היתר, היא ועמיתיה עסקו במבנה זעיר בליבת הריבוזום, שאותו זיהתה כבר בשנות ה-90 ושזכה לכינוי "פרוטו-ריבוזום". לפי ההשערה שפיתחו, מדובר במעין אב קדמון של הריבוזום המודרני, מבנה מולקולרי קדום שנשמר לאורך האבולוציה בשל חשיבותו לתהליך ייצור החלבונים.
פרופסור עדה יונת הגיבה בשמחה לזכייתה בפרס נובל לכימיה לשנת 2009. במסיבת עיתונאים שערכה במכון ויצמן סיפרה פרופ' יונת על רגעי הזכייה: "כמעט איבדתי את כושר הדיבור שלי", אמרה. היא הודתה למכון ויצמן "שאיפשר את העבודה הזו אף על פי שהתנהלות של שנים קשות במיוחד.אני יודעת שאין מוסד מדעי בעולם שהיה מאפשר את התנהלות המחקר הזה והיה נותן תמיכה, גם נפשית וגם מעשית, ומרשה לי להתקשר עם תורמים מצד אחד ועם מדענים מצד שני".
יונת סיפרה כי "שמחתי כשקיבלתי את ההודעה ונדהמתי. כשאתמול טלפנו אליי מהתקשורת ואמרו לי שאני בקבוצה הפותחת הייתי בטוחה שמותחים אותי או שמישהו מתח אותם. אמרתי להם: 'איך אתם יודעים? הכל שם סודי'?, אבל הם לא הרפו. מרגע שהגעתי לממצא הראשון, המקדמי, שרק נתן מעט אינדיקציה שהפרויקט יילך, מאז אמרו - זה פרויקט ברמה של פרס נובל - אם תגיעי אליו. אבל לא תגיעי, זה לא ייתכן, כבר ניסו אחרים וטובים ולא הצליחו. נתנו הרגשה שמדובר בבעיה חשובה אבל שאין סיכוי. ככל שהתקדמנו ופרצנו יותר ויותר הטפיחות על השכם גברו".
לדבריה, "לא קיבלנו את הפרס בשנה של הפריצה וגם לא שנה אחר כך. תהינו למה למהר, יש אנשים שמחכים כבר 40 שנה. זה היה נראה לי יותר תעלול תקשורתי מאשר דבר שהולך לקרות. חיכיתי קצת אבל לא הרבה לזכייה, ושמחתי מאוד. כשראיתי את הקידומת של שבדיה על הצג, אמרתי ש'הם משחקים איתי עד כאן'".
התרעות פיקוד העורף