במסגרת החקירה נחקר יוסף באזהרה, נגבו עדויות ובוצעו פעולות חקירה שונות. ממצאי החקירה מעלים כי יוסף אנס וביצע מעשים מגונים במספר הזדמנויות בעובדת שעבדה תחתיו. עוד התגבשה תשתית ראייתית לכך שהטריד מינית עובדת נוספת בעת שהיתה תחת פיקודו באחד מתפקידיו הקודמים, אך בשל בשל הזמן שחלף מאז האירוע, חלה התיישנות על מקרה זה. תיק החקירה יועבר לפרקליטות מחוז מרכז (פלילי), לעיון והחלטה.
משירות בתי הסוהר נמסר עם ההודעה על פתיחת חקירה כי "נמשיך לשתף פעולה ככל הדרוש עם צרכי החקירה תוך טיפול במתלוננת והגנה עליה, וכן תוך שמירה על הזכויות החוקיות של הקצין החשוד. עם כניסתה לתפקיד הפיצה נציבת בתי הסוהר, רב גונדר עפרה קלינגר, איגרת לכלל סוהרי הארגון, במסגרתה הודיעה על הקמת יחידה חדשה הכפופה למבקר הפנים של שב"ס שתהווה כתובת לכל סוהר וסוהרת לתלונות בעניין התנהלות לא הולמת במסגרת הארגון. רב גונדר קלינגר הודיעה על מדיניות של אפס סובלנות לכל מקרה של התנהגות בלתי הולמת ועל הכוונה לייצר סביבת עבודה בטוחה ומכבדת לכלל הסוהרים".
התרעות פיקוד העורף