פינטו אמור היה להיכנס לכלא מעשיהו ברמלה לאחר שכל ניסיונותיו להימנע ממאסר בפועל עלו בתוהו, אך בשל מצבו הרפואי הקשה הוא יתקבל במרכז הרפואי של שב"ס בכלא ניצן, אף הוא ברמלה. את הערב האחרון שלו כאדם חופשי בילה הרב פינטו בהעברת שיעור תורה לחסידיו בקהילת "שובה ישראל" באשדוד, שבראשה הוא עומד.
"יש לנו ביטחון ואמונה חזקים ביותר", אמר על מאסרו הצפוי. "הקדוש ברוך הוא לא נותן לאדם מבחן שהוא לא יכול לעמוד בו. אנחנו צריכים להיות בשמחה גדולה. לא שוברים את הרוח שלנו. אנחנו לא חושבים על מחר אפילו רגע אחד. מחר זה כמו היום וכמו שלשום וכמו לפני חודש ולפני שנה".
פינטו הורשע, על פי הודאתו בהסדר טיעון, בכך שב־2012 הציע לברכה שוחד בתמורה למידע על אודות חקירה שהתנהלה באותה עת נגד עמותת "חזון ישעיה" שבראשה עמד. הוא הורשע גם בשיבוש הליכי משפט. החשדות נגד פינטו בפרשת "חזון ישעיה" נגנזו, אבל השלכותיה גבו מחיר כואב. ביולי 2015, בשיאה של החקירה, שם תת־ניצב ברכה קץ לחייו.
בית המשפט גזר על פינטו שנת מאסר בפועל ובית המשפט העליון דחה את ערעורו על העונש וכן את בקשתו לדיון נוסף בהרכב מורחב. שב״ס ייאלץ להתמודד מהיום גם עם החזקתו במאסר של רב ידוע שבריאותו לקויה.
התרעות פיקוד העורף