בתום שלושה חודשים של נסיעת חינם, תינתן הנחה של 50% (הלוך ושוב) במשך שנתיים נוספות, לנוסעים שיעלו בכל אחת מתחנות רכבת העמק (למעט, תחנת חיפה) לכל יעד בארץ. הנסיעה מתחנת כפר יהושוע, בהנחה של 50%, תתאפשר לתושבי הישובים שסביב התחנה. רכבת העמק תפעל בין תחנות עתלית, חיפה ובית שאן בין השעות 06:23 בבוקר ועד לשעה 19:23 בערב. בכיוון השני תפעל הרכבת מבית שאן לעתלית, בין השעות 06:53 בבוקר ל-20:53 בערב.
שירות אוטובוסים יפעל בין תחנות רכבת העמק לישובי הסביבה, בכל שעות הפעילות של הרכבת. מדובר ב-38 קווי שירות, מתוכם כ-17 קווי הזנה שיופעלו מישובים שונים לאורך המסלול. קווים אלה יגיעו לתחנת הרכבת לפני יציאתה וימתינו לנוסעי הרכבת. לאורך מסילת העמק שהוקמה בין חיפה לבית שאן, נבנו ארבע תחנות רכבת חדשות מתוך שש תחנות שתוכננו על תוואי הקו: בית שאן, עפולה, מגדל העמק - כפר ברוך ויוקנעם - כפר יהושוע. בשלב מאוחר יותר, מתוכננות שתי תחנות רכבת נוספות, האחת במרכזית המפרץ והשנייה בנשר.