הקנייתים רצו לחסל את העצורים המעורבים בניסיון הפיגוע מכיוון שחששו להסתבך עם איום של פיגועי מיקוח מצד חדאד. ראש הממשלה רבין סירב, והוחלט להעבירם ארצה במטוס מיוחד שבו נכח משה קריסטל, ממחלקת איסוף באמ"ן, שקיבל את חמשת העצורים שהועברו מיד למתקן חקירות של יחידה 154. את החקירה ניהלו במשותף יחידה 504 והשב"כ. החמישה הועמדו לדין בבית משפט צבאי בחשאיות, והצנזורה מנעה כל פרסום בנושא. הם נידונו לעשר שנות מאסר.

רק חודשיים לאחר ההתרחשות הגיעה פנייה מממשלת גרמניה בנוגע לעצורים הגרמנים, ובעקבות לחץ גרמני הומתק גזר דינם של שני הגרמנים תומס רויטר ובריגיטה שולץ, והם שוחררו לאחר חמש שנים. המחבלים הפלסטינים שוחררו באחת מהעסקאות לשחרור השבויים.

"מובן שגם לאחר סיכול הפיגוע המשכנו במאמץ מודיעיני מול החזית ומול ודיע חדאד", מספר צפריר, "ידענו שהוא הבטיח למחבלים שאם יקרה להם משהו, הוא יהפוך את העולם כדי להצילם. אבל, למרבה הצער, לא היה לנו מידע ממוקד על הכוונה לחטוף את מטוס אייר פראנס". ארגונו של ודיע חדאד הפסיק לפעול רק לאחר מותו המסתורי ב־1978 עקב מחלה קשה. לפי כמה פרסומים, המוסד עמד מאחורי מבצע חיסול מתוחכם של החדרת רעל למזונו. נתי רותם, שהיה אז קב"ט אל־על ולימים כיהן כראש אגף האבטחה בשב"כ, ביקש שלא להתראיין: "40 שנה שתקתי ואני לא רואה סיבה לשנות זאת כעת".

פנייה לחברת אל־על בניסיון לקבל מידע על האירוע או לכל הפחות לשוחח עם דני סעדון, אז ראש התחנה בניירובי, נענתה ב"אין מידע רלוונטי". כמו כן, הניסיונות להגיע אל סעדון לא צלחו.

"הגענו ברגע האחרון": כך סיכל המוסד את הפלת מטוס אל על בקניה

בינואר 1976 ניסה ארגון טרור להוציא אל הפועל פיגוע המוני באמצעות ירי טילי כתף. כשבידיה מודיעין חלקי, הצליחה משלחת של אנשי מבצעים לעצור את המחבלים