לכן, בימים אלה מתארגנים במקום לקראת הפסקת פעילות מוחלטת של כלל היחידות, ובהן התיכון הסביבתי, המכינה הקדם־צבאית ומרכז גל למנהיגות.
ממשרד החינוך נמסר: "מדרשת שדה בוקר היא מוסד חינוכי מוביל ומרכזי, ולחלוטין לא מרחפת מעל המדרשה סכנת סגירה. לראיה: המשרד בונה בימים אלה במקום מרכז מורים חדיש לפיתוח מנהיגות המורים בנגב. "עם זאת, נדרשת תוכנית הבראה עבור המוסד, ובימים אלה פועלים המשרד והנהלת המדרשה על גיבוש תוכנית הבראה מקיפה".