באותה חקירה עסקו החוקרים בשאלת המפתח, ולפיה האם נוכח הקשר המיוחד שבין עו"ד שמרון לעו"ד מולכו ידע לכאורה שליח ראש הממשלה על פרטי עסקת הצוללות, וסייע בעקיפין לעד המדינה ולשותפו למשרד במימושה ובקידומה.
גורמים במשטרה ציינו אז כי "עו"ד מולכו הוא שותפו של עו"ד שמרון, הוא קרוב משפחתו ושניהם מקורבים מאד לראש הממשלה. מספיקה שיחה ביניהם לקדם עסקאות גדולות וזה מה שהחוקרים מנסים לפצח. הוא ידע שעו"ד שמרון מטפל בעסקת הצוללות אבל לא דיווח על כך ואנחנו רוצים לדעת מי מהשניים נהנה מאותה קרבה. ברור לנו שגנור ביקש ממנו עזרה ויש כאן לא מעט מהלכים שהתבצעו בחדרי חדרים".
מולכו, מצדו, טען בחקירותיו אז כי לא היה מעורב כלל בעסקת הצוללות, אולם במשטרה הטיחו בו טענות קשות בניסיון לקבל פרטים בהקשר לעובדה שכיהן כשליח של ראש הממשלה במדינות שונות בעולם, וזאת בשעה שהוא נמנה כשותפו במשרד של עו"ד שמרון ועל כך היה אמור לכאורה להעביר דיווח.
כזכור, כשבוע לפני כהן התפטר מולכו מתפקידו, זאת אחרי שהפקיד מכתב אצל ראש הממשלה ובו ציין כי את שנותיו בתפקיד הוא מכנה כשירות לאומי, שכן פעל אך ורק בשליחות ולמען המדינה. השניים החליטו כי עו"ד מולכו יסיים את תפקידו בפברואר הקרוב, אולם במשטרה מעריכים כי הוא ידע על התקדמות החקירה והעריך כי החוקרים מכוונים גם לעברו ולכן בחר להתפטר מתפקידו כביכול.
התרעות פיקוד העורף