מולכו, כזכור, נחקר בפרשה מפאת היותו שותפו למשרד וקרוב משפחתו של עו"ד דוד שמרון, שייצג את המתווך בעסקת הצוללות, מיקי גנור, שהפך לעד המדינה בפרשה. במשטרה סבורים כי מולכו הפר את חובת הדיווח, למרות שחתם על מסמך ניגוד עניינים, ולא סיפר על עסקה הנרקמת בין תאגיד טיסנקרופ לבין המתווך מיקי גנור, שיוצג ע"י שותפו, עו"ד שמרון.
פרשת הצוללות: עו"ד יצחק מולכו נחקר במשך שעות
שליחו המדיני לשעבר של ראש הממשלה ושותפו של עו"ד דוד שמרון, שהה במשרדי היאל"כ עד שעות הערב המאוחרות. הוא חשוד במרמה והפרת אמונים לאחר שלא דיווח על העסקה הנרקמת
התרעות פיקוד העורף