על מערכת היחסים הבעייתית עם משפחת נתניהו הוא מוסיף: "לא הייתה אפשרות מעשית להפעלת לחצים עלי אפילו לא מכיוון משרד ראש הממשלה. אבל הדוחות השפיעו על מערכת היחסים. מאז פרסום דוח מעונות ראש הממשלה הקשר עם נתניהו נותק". שפירא מספר כי "יום אחד במהלך הכנת דוח המעונות הוא התקשר אלי הביתה ושאג מכעס. שמתי את השיחה על רמקול ואלי (מרזל, מנכ"ל המשרד – י"ש), ששמע את הצעקות, פנה לנתניהו ואמר: 'אדוני ראש הממשלה, אתה לא יכול לצעוק כך על המבקר'. מאז הוא מתעלם ממני והדיונים בהמשך הדרך התנהלו לגופו של עניין".
על מימון ההוצאות המשפטיות של ראש הממשלה בתיקי 1000 2000 ו־4000 אומר שפירא: "אחרי שוועדת ההיתרים סירבה לאשר את המימון עמדתי הייתה שצריך לתת לנתניהו אפשרות לשימוע נוסף בוועדה. עיקרי הצדק הטבעי ומינהל תקין מחייבים לתת לו הזדמנות נוספת, ובג"ץ אכן קיבל את עמדתי ונושא המימון הוחזר לוועדה. ראש הממשלה ניסה מסלול אחר, שבו הוא רשאי לפנות אלי בתוקף סמכותי כמבקר המדינה לאשר טיפול בניגודי עניינים אצל שרים וסגני שרים. הייתי מוכן לדון בבקשה בשני תנאים: שההלוואה תינתן בתנאי שוק ושאין ניגוד עניינים בין נותן ההלוואה למקבל ההלוואה, ואת זה צריך היה לאשר היועץ המשפטי לממשלה. מי שישלים את הטיפול יהיה כנראה המבקר הבא".
לדברי המבקר היוצא, "כל אחד יכול לנסות לבקש להיעזר בקבלת מימון ואני לא יכול לפסול את זה מראש. אבל יש גם את הדבר הזה שנקרא נראות. לא כל דבר שהוא טוב ונכון הוא גם ראוי בנסיבות מסוימות, בוודאי כשמדובר בראש הממשלה. גם אם נניח שהבקשה מוצדקת, כשמדובר בבעל תפקיד בכיר כמו שופט או בוודאי ראש ממשלה, נהוג לומר שהאצילות מחייבת. אבל כל אחד עם האופי שלו והטבע שלו. אני כשופט לא הייתי מעז לבקש הלוואות או סיוע גם אם מדובר בחבר קרוב".
בתשובה לשאלה האם ישראל היא מדינה מושחתת, משיב המבקר: "ישראל אינה מדינה מושחתת, אבל אם יורדים לפרטים מגלים שהמדינה עדיין לא הפנימה מספיק את יסודות הדמוקרטיה. אנחנו עדיין מתנהלים כאילו אנחנו בתקופת הפלמ"ח. התופעה יוצרת בציבור תחושה של קומבינות וזה מחלחל גם לפוליטיקה".
על סוגיית ההחלטה לסגירת שדה דב השבוע, אומר שפירא: "בסופו של דבר האינטרסים של הנדל"ניסטים ניצחו. ניסיתי עוד לשנות והמלצתי לדחות את סגירת השדה אחרי יולי־אוגוסט, שזאת עונת הנסיעות החמה, אך לצערי לא הצלחתי. לצערי הזניחו את האינטרסים של תושבי אילת על מזבח הכסף, וכל כלכלן מתחיל יודע את זה".