במקביל, גם ישודרג השירות בקו הפרברי רחובות-בנימינה עם שעות פעילות מוארכות. כמו כן, ישודרג שירות רכבות הלילה בין ירושלים, נמל התעופה בן גוריון ותל אביב, כאשר הרכבות יעצרו גם בתחנות הרצליה, נתניה, חדרה מערב ובנימינה.
לעומת זאת, בשל ביקושים נמוכים לרכבת השנייה מידי שעה, המופעלת בשעות השיא בימי השבוע בין תחנות מודיעין וירושלים יצחק נבון, תרד תדירות הרכבות בקו זה לרכבת אחת מידי שעה לאורך כל היום.
השלב הבא יהיה המשך פרויקט חשמול מסילת הרכבת מבנימינה לחיפה ובאזור הדרום.