לפי כתב האישום, שהוגש באמצעות עו"ד רועי רייס מפרקליטות מחוז מרכז, בן-ארי על פי הגדרתו שלו, רואה את עצמו כתלמידו וממשיך דרכו של הרב מאיר כהנא. בן-ארי נאשם שבמסגרת פעילותו הציבורית בשנים 2017 עד 2023 הוא פרסם באופן חוזר ונשנה עשרות פרסומים שיש בהם הסתה לגזענות כלפי ערבים ישראלים באשר הם, במסגרת נאומים שנשא באירועים פומביים ורבי משתתפים, בראיונות לכלי התקשורת וכן בחשבונותיו בפייסבוק (כ-50 אלף עוקבים) ובטוויטר (שבשיאו היו לו כ-30 אלף עוקבים).
עו"ד אורלי ארז לחובסקי, מנהלת המרכז הרפורמי לדת ומדינה שהגיש את הבקשה לפסילת מועמדותו של בן ארי לכנסת ואת העתירה בדרישה להעמידו לדין: "אנו מברכות על הגשת כתב האישום נגד מיכאל בן ארי, גם אם הדבר נעשה באיחור רב. כבר לפני למעלה מחמש שנים פסל בית המשפט העליון את מועמדותו של בן ארי לכנסת תוך שהוא מציין כי מההתבטאויות שלו "עולה תמונה ברורה, חד משמעית ומשכנעת לפיה בן ארי מלבה באופן שיטתי יצרים של שנאה כלפי הציבור הערבי בכללותו, תוך ביזוי מתמשך של ציבור זה".
חכ"ל ד"ר מיכאל בן ארי מסר: "שש שנים הפרקליטות רודפת אחרי, מיוני 2018, וכעת סוף סוף יש כתב אישום. אני הולך למסגר את כתב האישום ולתלות אותו בחדר העבודה שלי. כתב האישום הזה מוכיח עד כמה הזהרתי והתרעתי ואמרתי שוב ושוב – שריפה, שריפה שהולכת לשרוף את כולנו. מה עשו לי בתגובה? רדפו אותי, פסלו אותי מלרוץ לכנסת, טענו שיש "מסה קריטית של ראיות" להוכיח שאני כביכול גזען. הזהרתי מפני שומר החומות, הזהרתי מפני השביעי לאוקטובר בצורה הכי מפורשת, כל החומרים האלה נמצאים בכתב האישום נגדי. אני הולך למשפט הזה בגו זקוף, ואני הולך להגיד בצורה הברורה ביותר – מילאתי את חובתי. אני מעדיף שבית המשפט ירשיע אותי אלף פעם מאשר שירשיעו אותי אלה שיכולתי להציל ולא הצלתי. צריך להרשיע אותי על זה שלא זעקתי מספיק. אין דו קיום, יש לנו עסק עם אומה רצחנית, זה הלב של כתב האישום. אני הולך לומר בבית המשפט – אמת דיברתי, את חובתי עשיתי, "צופה נתתיך לבית ישראל". לא יכולתי לשתוק, אסור היה לי לשתוק. הניסיון שלכם להשתיק אותי הוא שיתוף פעולה עם האויב – לא פחות".
עו"ד משה פולסקי מחוננו מסר: "כתב האישום הינו כתם על הדמוקרטיה הישראלית, בושה וחרפה. ההתנהלות של הפרקליטות שבמקום לרדוף אחר המפגעים והמרצחים בוחרת להגיש כתב אישום נגד ד"ר בן ארי אשר התריע במשך שנים כחוזה בשער על כל הסכנות הצפיות לאזרחי ישראל מכל הסובבים אותם. בן ארי הזהיר כבר לפני שנים מכל מהטרור בעזה ובתוך תחומי המדינה. הפרקליטות בוחרת לירות בשליח במקום להעמיד לדין את כל המפגעים. אילו הייתה לנו פרקליטות אמיצה אשר עושה כהלכה את תפקידה הם היו נותנים לו צל"ש. מדובר באדם שמשך שנים התריע, לא הסית, כנגד האלימות המופנית כלפי אזרחי ישראל מצד השכנים הערבים. מבלי להיכנס להגדרות מהי "אומה רצחנית", את התוצאות ראינו בשביעי לאוקטובר. אחרי עינוי דין של למעלה מחמש שנים מגישים כתב אישום? בושה וחרפה".
עו"ד ציון אמיר הוסיף: "כתב האישום מופרך ואנו ננהל מאבק משפטי נוקב להוכיח כי לא מדובר בהסתה אלא בינסיון השתקה של חכ״ל מיכאל בן ארי, אשר כמו כל אזרח שמורה לו הזכות לחופש ביטוי ולהבעת דעה ובוודאי כזו שאין לא גזענות ולא הסתה לה. יש לתמוה דווקא בימים אלה ועל רקע הסתה חמורה לפגיעה בנבחרי ציבור שאינה מקבלת טיפול מדוע מחליטים להגיש כתב אישום שנים רבות אחרי תחילת החקירה".
התרעות פיקוד העורף