לעמדת הממשלה, "ראש השב"כ לא עתר לבית המשפט הנכבד וגם לא הגיש תגובה לעתירה. עתירה כאמור היתה מחייבת אותו בצירוף תצהיר ומאפשרת לצדדים לחקור אותו על תצהירו. הניסיון לחמוק מהגשת תצהיר ובכך להמנע מהצורך להחקר עליו, אינה מקנה לראש השב"יכ וליועצת המשפטית לממשלה זכות לחרוג מסדרי הדין ולפנות במכתב לבית המשפט".
בשל כך, נתבקשו השופטים כי "לאור הפגם החמור שנפל בתגובת היועצת המשפטית לממשלה באופן בו צורף לה המכתב, בדרך המנוגדת לדין, מתבקש בית המשפט להורות על הוצאת התגובה מתיק בית המשפט".
"במהלך חודש נובמבר 2024 דרש ממני ראש הממשלה, באופן חוזר ונשנה, לתת חוות דעת ביטחונית אשר תקבע למעשה כי הנסיבות הביטחוניות אינן מאפשרות את קיומה של עדותו הרציפה במשפטו הפלילי", כתב בר לשופטים.
עוד כתב בר: "לאחר שניהלתי תהליך מול כלל הגורמים המקצועיים וגובשה מעטפת אבטחתית ראויה, הגעתי למסקנה כי אין מניעה ביטחונית לקיום העדות במתכונת שנקבעה, ובהמשך מתכונת זו הוצגה בפני בית המשפט ואושרה על ידו. עדכנתי בכך את ראש הממשלה. אי הסכמתי לקבל את דרישות ראש הממשלה בעניין זה, נתנה, לדעתי, את האות להעלאת הטענה לפיה שורר בינינו 'חוסר אמון', כביכול".
בר הוסיף: "חשיבותו של ההליך שבפני בית המשפט חורגת בהרבה מהשאלה האישית בעניין המשך כהונתי. ההכרעה בהליך תשפיע באופן עמוק על השאלה - האם מערכת היחסים בין ראש הממשלה לראש השב"כ תהיה מבוססת על ציפייה לנאמנות אישית, או שהשירות יפעל 'באורח ממלכתי', כאשר 'לא תוטל על השירות משימה לשם קידום אינטרסים מפלגתיים-פוליטיים', כקבוע בחוק שירות הביטחון הכללי. כלומר על הפרק ניצבת יכולתם של ראשי השב"כ הבאים להוביל את הארגון ולממש את ייעודו, על פי העקרונות הקבועים בחוק וכן להביע עמדות מקצועיות ללא מורא".
עוד כתב בר כי להבנתו, "ביסוד הפסקת כהונתי עומדת ציפיית הדרג המדיני לנאמנות אישית של ראש שירות הביטחון הכללי לדרג המדיני הממונה עליו. כאשר הדרג המדיני הגיע למסקנה כי נאמנות מסוג זה אינה מתקיימת מצידי, החליטה הממשלה, ללא שהונחו בפניה נימוקים עניינים ותוך התעלמות מהכללים שבדין, לקדם את הפסקת כהונתי בחופזה, ומבלי שהפורום שנקבע בדין לצורך כך בחן את כלל הטענות".
בר תקף את החלטת הממשלה לפטרו, והזהיר את השופטים: "מתן תוקף משפטי למהלך מעין זה, לאור כל המפורט לעיל, עלול להיות הרה אסון לשירות הציבורי במדינת ישראל ולהביא לשינוי חד במושכלות יסוד ובנורמות ארוכות שנים, אשר עוצבו גם על ידי בית משפט נכבד זה. מניסיוני, יש לשמר את מעטפת הגנה שניתנה למשרתי הציבור הבכירים, שכן זה הוא תנאי הכרחי לקיום חובת האמון שלהם לציבור".
התרעות פיקוד העורף