בג"ץ כתב בהחלטתו: "יש להצר על כך שבקשה מסוג זה – שרק היום נקלטה בתיק בית המשפט – אינה מוגשת על-ידי משיבי הממשלה עצמם. לגוף הדברים – העמדות שהוגשו לנו מבוססות על פרסומים בכלי התקשורת, שמטבע הדברים אינם יכולים לשמש בסיס להחלטה שיפוטית. כל החלטה נוספת שלנו תתבסס על התצהירים שאמורים להיות מוגשים בימים הקרובים, והמשיבים רשאים לעשות מאמץ להקדים את מועד הגשתם, ככל הניתן".
"למותר לציין כי אין בסיס לטענה כי סמכויות הממשלה בתחום הביטחון הופקעו", המשיכו. "הממשלה היא האמונה על קבלת החלטות מדיניות וביטחוניות וקיומה של ביקורת, בכיר ככל שיהיה, אינה גורעת מכך כמלוא הנימה, כפי שיפוטית בעניינו של מינוי שהובהר גם במהלך הדיון. כפי שציינו בהחלטתנו הקודמת – דלתו של בית המשפט פתוחה לכל בקשה משותפת שתוגש על-ידי הצדדים".
"מכלל הפרסומים עולה תמונה מטרידה של שימוש פסול במשאבי אחד הארגונים הרגישים ביותר במדינה, תוך טשטוש מוחלט בין סמכות מקצועית לבין שיקולים זרים. מצב זה, שנחשף עתה, יוצר משבר אמון חסר תקדים בין הדרג הממונה לשלטון הנבחר, ומשליך באופן ישיר על ביטחון מדינת ישראל, לרבות על גורלם של החטופים – קרובי המבקשים", כתב פואה בשם משפחות החטופים והשכול ביחס לפרסומים אודות פרשת ההדלפות מהשב"כ.
פואה ביקש מבית המשפט העליון "לבחון מחדש את החלטתו, נוכח שינוי הנסיבות המהותי והמשמעותי, ומתוך תחושת אחריות לאומית. הניסיון להציב את בית המשפט כמעין גורם מגשר בין הדרג הנבחר לראש השב"כ - באמצעים של תצהירים חסויים - חוטא למצב הקיים בפועל, ומקבע מציאות בה ראש שירות חשאי מנצל את מעמדו כדי לפעול נגד הממשלה החוקית".
הממשלה, באמצעות עו"ד ציון אמיר, הביעה תמיכה בבקשת משפחות החטופים והמשפחות השכולות אשר קבלתה תאפשר את פיטוריו המידיים של רונן בר. לדברי אמיר, "הודעת ראש ועדת המודיעין בסנאט, הסנאטור תום קוטון, שניתנה לאחר צו הביניים, על כך שהממשל האמריקאי לא יכול לתת אמון בראש רשות ביטחון שראש ממשלת ישראל הודיע שאין לו בו אמון, ממחישה את גודל הסכנה בהמשך כהונתו של ראש השב"כ בתפקידו".
אמיר הוסיף כי: "כפיית המשך כהונתו של ראש השירות בצו ביניים שיפוטי בשעה שהממשלה הביעה חוסר אמון מוחלט בהמשך הכהונה, כבר מציבה חשש ממשי לפגיעה ביחסי החוץ ובשיתוף הפעולה המודיעיני עם ישראל".
התרעות פיקוד העורף