ליבת העתירה היא טענה על האצלת סמכויות בלתי חוקית מגורם מדינתי – מפקד פיקוד המרכז – לעמותה פרטית, שבפועל, על פי העתירה, מנהלת את הכניסות לקבר, מוכרת כרטיסים, מקצה אוטובוסים ואף מפעילה סדרנים ללא כל מקור סמכות.
לפי הטענות בעתירה, מזה שנים שהעמותה השנייה – הקרן למורשת קבר יוסף – פועלת באתר בלי שנערך מכרז, בלי פיקוח ציבורי, ובלי שמעמדה הוגדר או הוסדר בחוק. בתשובת הצבא לעותרת נכתב באפריל האחרון רק כי "מעכשיו הכניסות יתבצעו מול המנהלת ולא מולנו", ללא נימוק נוסף.
בין הטענות המרכזיות בעתירה: אפליה שיטתית כלפי קבוצות מתפללים שאינן מזוהות עם הגורמים השולטים בעמותה המנהלת, גביית תשלומים בהיקפים נרחבים, והפעלת סדרנים ללא כל סמכות פורמלית, שלפי העותרים אף מפעילים כוח פיזי נגד מבקרים. עוד נטען כי לעמותה יש אינטרס כלכלי מובהק, והיא מפיקה רווחים של מיליוני שקלים מדי שנה מהשירותים שהיא מספקת, זאת ללא כל רגולציה או תחרות. בית המשפט העליון הורה על הגשת תגובה לעתירה בתוך 45 ימים.