במקביל, נעתרה המשטרה באמצעות היחידה הארצית לחקירות פשעים חמורים ובינלאומיים (יאחב"ל) בלהב 433 לבקשת צה"ל, לאפשר למרדכי לעסוק בתחום ספציפי בנוגע לפעילות המנהלת ולתקופה מוגבלת בלבד שנקבעה ל 12 ימים, כל עוד הוא לא יעסוק בתחום קטאר. בנוסף נקבע כי אל" מ מרדכי לא יישאר חבר במינהלת בשלב הזה.
במהלך החקירה, מרדכי הכחיש בתוקף את הטענות והצהיר: "הרי מלכתחילה גייסו אותי לצוות המשא ומתן בגלל הרקע שלי, הידע שלי והקשרים שלי מול קטאר". החוקרים לא התרשמו מהכחשותיו וטענו כי הוא לא ביצע גילוי נאות מלא מול צה"ל בנוגע לקשריו העסקיים עם קטאר, והוחלט להרחיקו מצוות המשא ומתן למשך 14 ימים.
התרעות פיקוד העורף