בהתאם לכך, צפוי להתבטל בחוק סעיף המאפשר להכריז על מחבלי נוח'בה כלוחמים בלתי חוקיים לנצח - ולהמשיך לכלוא אותם ללא הגבלה. הסיבה לסעיף החוק מראש היה החשש כי לא יהיה ניתן להעמיד לדין את כלל מחבלי הנוח'בה, אך בפרקליטות מחוז דרום, בה מסיימים בימים אלה להכין את התשתית הראייתית נגד המחבלים, סבורים כי לאור סעיף הפגיעה בריבונות יהיה ניתן להעמיד לדין את מחבלי הנוח'בה לדין עד האחרון שבהם.
בית הדין המיוחד בו יועמדו לדין מחבלי הנוח'בה יהיה תחת הכותרת של בית דין צבאי. יהיו הוראות שונות בנוגע לבית הדין עצמו, אך בישראל רואים חשיבות בכך שדווקא הצבא יהיה זה שישפוט את המחבלים. בישראל אף צפויים למנות תובע בכיר שינהל בעצמו את התיקים נגד מחבלי הנוח'בה, בדומה למשפט אייכמן.