המשנה לנשיא הדגיש כי פרשנות זו של ההסכמה וההחלטה היא שתואמת לאופן שבו הובנו הדברים על-ידי הצדדים להסכמה - ראש הממשלה והיועצת המשפטית לממשלה.
עוד דחה סולברג טענות בדבר פגמים בכשירותו ובטוהר מידותיו של זיני עצמו, וכן טענות באשר לבחינה בלתי-מספקת שערכה הוועדה בעניינים אלה. צוין כי בהתאם להלכה הפסוקה, בכל הנוגע להתערבות במינויים המתבצעים על-ידי הממשלה, ובפרט לתפקידים בכירים דוגמת ראש השירות - על בית המשפט לנקוט זהירות רבה; על אחת כמה וכמה כשהמינוי נבחן על-ידי הוועדה המייעצת, שלה מומחיות מיוחדת בכל הנוגע לבחינת היבטים אלה.
על רקע זה מצא המשנה לנשיא כי אין מקום לקבלת טענות העותרים בדבר אי-התאמה מקצועית של זיני לתפקיד, וגם לא את הטענות באשר לטוהר מידותיו של זיני, שנדחו בדין על-ידי הוועדה המייעצת. אחת הסיבות לכך היא העובדה שטענות רבות הסתמכו אך ורק על פרסומים עיתונאיים, על אף שבפרסומים מסוג זה אין די על מנת לבסס עתירה המוגשת לבית המשפט.
מנגד, הנשיא עמית סבר בדעת מיעוט כי הדרך שבה התקבלה החלטת המינוי בעייתית, ולכן יש מקום להוציא צו שמחייב את המדינה להסביר למה לא להחזיר את המינוי של זיני לוועדה המייעצת כדי שתנמק טוב יותר את החלטתה.
הנשיא עמית הדגיש בפתח הדברים כי זיני הוא לוחם עז נפש שמילא שורה של תפקידים קרביים בצה"ל, טיפס בסולם הדרגות עד לדרגת אלוף, מבלי שבמהלך השנים עלתה טענה כלשהי לגבי יושרו ויושרתו האישית והמקצועית. הנשיא הבהיר שההסכמות נועדו לאפשר את מימוש הסמכות הנתונה לראש הממשלה, תוך הבהרה כי מימוש סמכות זו ייעשה בהתאם לכללי הדין הנהוגים בנדון - בחינת טוהר המידות במובנו הרחב של הגורם הממונה וגם של הגורם הממנה - ובלא נקיטת עמדה מוקדמת מצד בית המשפט.
הנשיא הדגיש כי היעדר התייחסות לטענות כבדות משקל שהועלו בפני הוועדה - לרבות אלו הנוגעות לרקע שהוביל למינוי, להתנהלות ראש הממשלה ולאפשרות קיומם של שיקולים זרים במינוי - מותיר את החלטת הוועדה ללא בסיס עובדתי ומשפטי מספק. במצב דברים זה סבר הנשיא כי העותרים עמדו בנטל הראייתי הראשוני להצביע על פגם לכאורה בהחלטת המינוי, ועל הצורך להחזיר את עניינו של זיני לוועדה המייעצת לצורך השלמת הנמקתה.
השופט מינץ הצטרף בהסכמה לדעתו של סולברג, והוסיף כי לא היה מקום לטענות שהועלו בעתירות, ושלפיהן נדרש היה לפסול את מינויו של זיני מחמת השקפת העולם אשר מיוחסת לו. הסיבות לכך הן שמדובר בהשקפת עולם דתית וציונית שאין כל הצדקה לפסול בגינה מועמד, וגם משום שמקור הטענות הוא בפרסומים עיתונאיים וברכילות בלתי מבוססת באשר להתבטאויות בני משפחה של זיני. לבסוף הוא דחה גם את הטענה שזיני לא מתאים לתפקיד כי לא הגיע מתוך המערכת עצמה, וציין שמהלכי "הצרחה" דומים התבצעו לא פעם ולא פעמיים בעבר, כך שלא נמצא בדבר כל פסול.
התרעות פיקוד העורף