הסתדרות המעוף הגישה בקשה לבית הדין האזורי לעבודה בירושלים נגד המועצה האזורית שער שומרון, המועצה המקומית אלקנה ומשרדי הביטחון, הפנים והאוצר, במטרה למנוע את סגירתה של המועצה המקומית שער שומרון וצירופה למועצה המקומית אלקנה. לטענת התובעים, משרדי הממשלה מסרבים להסדיר את השלכות החלטת האיחוד על העובדים, לא מקיימים משא ומתן עם נציגות העובדים ובכך זונחים אותם לגורל של איבוד מקור פרנסתם ואת התושבים לכאוס בשירותי המועצה.
הם טוענים עוד, כי המועצה המקומית אלקנה היא הקטנה מבית שתי המועצות ואין ביכולתה להתמודד עם האיחוד, שהיא אף מתנגדת לו. ההסתדרות ונציגות העובדים טוענים, כי להחלטת האיחוד ישנן שלכות דרמטיות על בטחונם התעסוקתי של 250 עובדי שער שומרון וכ-10 אלפים תושבים, אשר זכאים לשירות כתושבים במועצה מקומית ישראל.
לטענתם, אין תוכנית להעברת עובדים או פרישת עובדים, או תכנול לגבי מועצה חדשה מאוחדת. עוד נטען, כי סירוב לנהל משא ומתן הוא בניגוד לפסיקת בית הדין הארצי לעבודה. בתביעה הם מבקשים מבית הדין לעבודה להורות בצווים קבועים: לבטל כל צו או החלטה שינתנו על ידי המדינה עניין ביטול שער שומרון לתחום השיפוטי של המועצה המקומית אלקנה; להורות למשיבות להימנע מקידום כל פעולה שיש בה כדי להשליך על זכויות עובדי שער שומרון וזאת, עד למיצוי חוברת ההידברות של המדינה עם ההסתדרות ובכפוף לתוצאותיה; להורות למשיבות להימנע מלסיים את העסקתם של עובדי שער שומרון, או להורות למשיבות להימנע מלפגוע בתאי העסקתם, זכויותיהם ושכרם . העובדים מלווים על ידי עו"ד עוז גולדברג, מנהל חטיבת עובדי הרשויות המקומיות בהסתדרות המעוף.