לפני זמן קצר העבירו חברי ועדת הבדיקה הממשלתית את מכתב התפטרותם לשר המשפטים, יריב לוין בו הם מסבירים כי מיום מינויים על ידי הממשלה באוגוסט 2023 ועד לרגע זה – "פעלו ביד אחת מספר גורמים. ובראשם גורמי האכיפה שעניינם אמור היה להיבדק על ידי הוועדה, לשם סיכול פעילותה. בכלל זה סירבו גורמי האכיפה למסור לוועדה את המידע הנדרש לבדיקתה או לאפשר חקירת עדים מרכזיים, ואף נמנעו מלבוא בדברים עם הוועדה בניסיון למציאת מתווה מוסכם. זאת, תוך הטחת האשמות מפורשות או מרומזות בוועדה, אשר לוו בתילי תילים של קונספירציות באשר לתכלית פעילותה, שאין בינם לבין המציאות דבר".
"נדמה כי לא הדאגה לאינטרס הציבורי עמדה בראש מעיניהם אלא החשש מפני ביקורת ורצונם למנוע בירור מעמיק של הפרשה". עוד ציינו כי במשך תקופה ארוכה לא הועברו לוועדה החומרים הדרושים לעבודתה, וכי לא נראה אופק לשיתוף פעולה שיאפשר בדיקה תקינה.
חברי הוועדה הודו לשר על האמון שנתן בהם וציינו: "צר לנו כי בנסיבות שנוצרו נמנע מאיתנו לתרום להגנה על הזכות לפרטיות של אזרחי מדינת ישראל כפי שהתבקשנו". נזכיר כי ב-28.8.2023 מינה שר המשפטים, באישור הממשלה, את ועדת הבדיקה הממשלתית לבדיקת רכש, מעקב ואיסוף מידע בכלים קיברנטיים אחר אזרחים ונושאי משרה, המבוצעים על ידי גורמי האכיפה.
חברי הוועדה התייחסו גם להצעת פשרה שהועברה לתגובת הצדדים, שלטענתם הגבילה מראש את סמכויותיהם. הם כתבו כי מדובר בהצעה "הנותנת תוקף לדרישה לפיה הגורמים הנבדקים על ידי הוועדה, הם ורק הם שיחליטו מה גבולות פעולתה ומה המידע שהוועדה רשאית לעיין בו, לדון בו או לשמוע עדויות בנוגע אליו". לדבריהם, "המתווה המוצע הוא לא בר ביצוע, אין בו כדי להבטיח שיתוף פעולה מול הגורמים הנחקרים ואיננו מאפשר בירור ובדיקה אמיתיים".
בהמשך המכתב ציינו כי הוועדה הוקמה מתוך רצון לברר את הפרשה שכונתה "פרשת פגסוס", וכי מטרתם הייתה לשקם את אמון הציבור. לדבריהם, "נרתמנו למשימה לאומית זו, במחשבה שקיים הכרח ממשי לפוגג את הערפל מסביב לפרשה שכונתה 'פרשת פגסוס', שפגעה באופן אנוש באמון הציבור בגורמי האכיפה". עם זאת הוסיפו: "במסגרת פעילותנו עד כה הוצגו בפנינו מידע, ממצאים חריגים וסימנים מדאיגים המעלים חשש כי פרשה זו חמורה בהרבה, בעומקה ובהיקפה, מכפי שהצטייר עד כה".
הוועדה הייתה אמורה לבדוק גם מעקבים טכנולוגיים שהתבצעו באמצעות רוגלות, שנטען כי נעשה בהן שימוש ללא צו בית משפט. על סמכויות הועדה היו עתירות לבג"צ- במיוחד נכון הדבר על הטענה שבדיקת תיקים מתנהלים היא בעייתית מאד. ביוני 2025 בית המשפט העליון צו על תנאי - בצעד ובכך רמז לראשונה כי ייתכן שיורה על ביטולה או על צמצום סמכויותיה, אם לא תוסדר עבודתה בהתאם לעמדת היועצת המשפטית לממשלה.
בצו קבעו נקבע כי על הממשלה לנמק מדוע לא יבוטלו ההחלטה על הקמת הוועדה וכתב המינוי, בשל היעדר מנגנוני תיאום בין הוועדה ליועצת המשפטית לממשלה, וכן היעדר הסדרים שיבטיחו שפעולתה לא תשבש חקירות והליכים פליליים קיימים.
"אתם, שפוסקים פעם אחר פעם לטובת מחבלים ובני משפחותיהם, בתירוץ של דאגה כביכול לזכויות אדם, חשפתם היום שוב את פרצופכם האמיתי. תקראו היטב את מכתב ההתפטרות הנוקב של חברי הוועדה, שכולל את הקביעה הקשה הבאה: '…במסגרת פעילותנו עד כה, הוצגו בפנינו מידע, ממצאים חריגים וסימנים מדאיגים המעלים חשש כי פרשה זו (פרשת פגסוס) חמורה בהרבה, בעומקה ובהיקפה, מכפי שהצטייר עד כה'".
"קביעה זו מצטרפת למסקנות הקשות והמטלטלות שפרסם לאחרונה מבקר המדינה בעניין השימוש הבלתי חוקי ברוגלות. אתם, שלושת שופטי בג״ץ, צריכים לשבת בביתכם חפויי ראש נוכח הדברים הנוקבים שכתבו חברי הוועדה. מעלתם בתפקידכם והפקרתם את הפרטיות ואת זכויות האזרח של כלל אזרחי ישראל. אני אמשיך להיאבק. לא אוותר עד שהצדק ייעשה. עד שהעבריינים יבואו על עונשם. עד שהמטייחים, אשר מעלו באמון העם, יאבדו את אחיזתם בבית המשפט העליון".
התרעות פיקוד העורף