הנהלת מחלקת החינוך פתחה בבדיקה, במהלכה נמצא שאכן חלק מהכספים שהיו אמורים להיות משולמים לספקים לא הועברו. תלונה על כך הועברה למשטרה, שפתחה בחקירה. במהלך החקירה התברר שבמשך שנתיים, כספים רבים שולמו לגורמים שונים שאינם מספקים צרכים של בתי ספר.
נמצאו קניות בבתי מרקחת כמו בשמים יוקרתיים, קרמים ומוצרים אחרים. נמצאו גם הוצאות על ציוד, חומרי בניין ועוד. את התשלומים על הוצאות אלו ביצע על פי החשד אב הבית של בית הספר, ככל הנראה בהוראת המנהלת. המנהלת עצמה נעצרה לחקירה. היא הכחישה את מעורבותה בעניין והטילה את האחריות לגירעון הרב על המנהלת הקודמת של בית הספר ועל אב הבית, כמי שביצעו את הרכישות והזמנת השירותים.
יצוין שיחד עם המנהלת, עוכבו לחקירה מספר אנשים נוספים, בהם עובדים מבית הספר, שהיו עדים למעשי המנהלת. היא הובאה לדיון בבית משפט שלום בלכיש, שנענה לבקשת המשטרה והאריך את מעצרה לצורך המשך החקירה.
התרעות פיקוד העורף