בית המשפט שהרשיע את אליה ראובני קבע, כי הוא ביצע את המעשה מתוך מניע לאומני. הכנסייה הוצתה בלילה שבין ה 17 ו ה-18 לחודש יוני 2015. על פי כתב האישום, היא הוצתה בשלושה מוקדים ובשל הלהבות, נגרם לה נזק קשה ביותר. בית המשפט המחוזי בנצרת, הרשיע את אליה ראובני בהצתה מכוונת בנסיבות מחמירות ובהשחתת פני מקרקעין ממניע של עוינות כלפי הציבור.
התביעה התבססה על הרשעתו של אליה ראובני בהצתה ובעבירות הנגזרות מכך, כמו פגיעה במכוון במבנה בעל אופי דתי נוצרי, הפרת חובה על פי חוק פקודת הנזיקין, גרימת נזק ברשלנות ועוד. מנגד טענה ההגנה, כי חוק מס הרכוש לא חל על האשם במקרה זה וכי המדינה לא היתה צריכה לממן את שיקום הנזקים. סנגורו של אליה ראובני, עורך הדין מנשה ידו טען בשמו, כי המדינה מימנה את שיקום הכנסיה בגלל מעשה שנעשה בשל הסכסוך הישראלי ערבי ואולם נסיבות הסכסוך האמור, אינן תקפות במקרה זה כי אין זיקה בין ההצתה לבין הסכסוך. ידו הוסיף עוד מספר נימוקים לדחיית התביעה ובין היתר טען כי המדינה נהגה יחס מפלה ואכיפה בררנית כלפי אליה ראובני.