התנועה לאיכות השלטון מציינת בעתירה פגמים חמורים בהתנהלות הוועדה המייעצת: שניים מתוך שלושת חברי הרוב לא נחשפו לחומרים המסווגים הרלוונטיים לפרשה, וחתמו על חוות דעתם בטרם נכתבה חוות הדעת המפורטת של יו"ר הוועדה גרוניס. בנוסף, הוועדה לא זימנה את אלמקייס עצמו להעיד למרות בקשותיו החוזרות, והסתפקה בחומרים מתוך שני ראיונות תקשורתיים שערך אלמקייס בלבד - שמטבע הדברים לא הכילו חומרים מסווגים הנוגעים לפרשה.
נוסף על כך, בעתירה נטען כי גופמן נעדר ניסיון מודיעיני רלוונטי לתפקיד ראש המוסד, שכן מעולם לא מילא תפקיד מודיעיני או עסק במבצעים חשאיים; וכן לפי פרסומים, גופמן אף אינו שולט בשפה האנגלית ברמה המספקת לניהול קשרי מודיעין בינלאומיים.
התרעות פיקוד העורף