המועצה היא הרגולטור על שידורי הטלוויזיה והרדיו המסחריים ותפקידה פיקוח על השידורים. בין היתר היא מעניקה זיכיונות ורישיונות לגופי שידור, קובעת כללים והנחיות לפעילותם ומבקרת את ביצועיהם. היא מפקחת גם על הערוצים המסחריים ערוץ 12 וערוץ 13 ומערכות החדשות שלהם.
לאחר המינויים, הוגשו כמה עתירות בנושא - התנועה לאיכות השלטון, אחת העותרות, עתרה נגד מינוי יו"ר וחברי המועצה בטענות שונות של הפרת חובת ההיוועצות, זיקות פוליטיות, ניגודי עניינים חמורים, והפרת הסדר ניגוד העניינים של נתניהו שהשתתף בהצבעה על בן חי-שגב.
ארגון העיתונאים והעיתונאיות עתר אף הוא והסביר את החשיבות של הרשות- "בית המשפט הדגיש בעבר כי הרשות הוא רגולטור חשוב ועצמאי...הגופים המפקחים על התקשורת הם בעלי חשיבות דמוקרטית מיוחדת. שליטה בגופים הללו עשויים להעצים את כוחה של הממשלה באופן המשפיע על תנאי הרקע של הבחירות. הבטחת עצמאותה של המועצה מהווה אפוא תנאי הכרחי להגנה על ערכי היסוד של המשטר הדמוקרטי".
גם לעמדת היועצת המשפטית לממשלה, בהחלטות הממשלה נפלו פגמים היורדים לשורש ההליך המצדיקים את ביטולן והשבת הנושא לוועדה לבדיקת מינויים.
ב3.5 בג"ץ הוציא צו ארעי (זמני) בעתירות שאוסר בינתיים על המועצה להתכנס ולקבל החלטות עד להחלטה אחרת. לאחר מכן לאחרונה אירע אירוע יוצא דופן: ששה מחברי מועצת הרשות השנייה ה"יוצאת" התפטרו מכהונתם. בעקבות כך הועלו טענות שונות באשר לנסיבות וכן לתוקפה של ההתפטרות. עלו טענות של העותרים בדבר מעורבותו של השר קרעי או מטעמו בהתפטרות.
השופטים הורו לצדדים ולשר להתייחס לטענות הללו. "וכן ליכולתם של חלק חברי המועצה להתפטר מכהונתם במועצה "היוצאת", מבלי להתפטר מכהונתם במועצה "הנכנסת".
אחת מחברות המועצה הגישה תצהיר בו כתבה כי ראש מטה השר קרעי, התקשר אליה והציע "שתתפטר מהמועצה היוצאת. השיחה נוהלה באופן מניפולטיבי להמחיש לי את הכדאיות בהתפטרות זו". היא התפטרה והצהירה: "חשתי רע כי ייתכן שבעל כורחי הפכתי חלק מתכנית להדחת המועצה", ולכן ביקשה לחזור בה מההתפטרות.
בתגובתה של יפעת בן חי שגב נכתב:" אין חולק כי מעטים (ביותר) הם האנשים במדינת ישראל אשר מאחוריהם ניסיון מקצועי ואקדמי עשיר אשר מתקרב לזה שלה בתחום התקשורת ואסדרתה. איש לא העלה בדעתו לפקפק במינויה לשלל תפקידים ציבוריים בעבר עד אשר חטאה במה שנתפס בעיני הייעוץ המשפטי לממשלה, כך נראה, כחטא הנורא מכל - מתן עדות כנה בתיק 4000 מתוך חובה אזרחית, מחויבות לאמת ומורא הדין".
התרעות פיקוד העורף