כך למשל בעתירה של "האקדמיה למען ישראל דמוקרטית" נטען ש"המינוי היה פגום מראשיתו, תוך הנמכת תנאי הסף לתנאים שאינם הולמים את מאפייני המשרה, בניגוד לנוהל נציבות שירות המדינה התקף, הסתרת זיקות רלבנטיות מוועדת האיתור, היעדר תשתית עובדתית מלאה, התעלמות מעמדת הייעוץ המשפטי לוועדה, ואף לאור העובדה ששר האוצר, היה מעורב במינוי תוך ניגוד עניינים פסול".
עוד נטען כי "החלטה אינה עומדת בהוראות הדין בנוגע לקיומם של 'כישורים מיוחדים'. לדבריהם, ועדת האיתור, והשרים הממנים, העדיפו מועמד בעל זיקה אישית ופוליטית הדוקה ביותר לשר הממנה, "ומבלי שיש במועמד 'כישורים מיוחדים' כל שכן כישורים מיוחדים מובהקים המצדיקים את מינויו חרף הזיקה ההדוקה שלו לשר האוצר, ותוך התעלמות ממועמדים אחרים מתאימים יותר, או למצער מתאימים אף הם, אך נעדרי זיקה; קל וחומר בשים לב לחובת הייצוג ההולם. המינוי מהווה כשלעצמו מינוי פוליטי המצדיק את פסילתו, ובשל חוסר סבירות קיצוני", טענו.
עוד נאמר: "מר אליהו נמצא המועמד המתאים ביותר... עיון בתשתית העובדתית במלואה - במסמכי ההליך, בפרוטוקולי ועדת האיתור ובהחלטת הגורמים הממנים - מעלה כי אין לפנינו מינוי פגום או החלטה החורגת ממתחם הסבירות, אלא בהחלטת מינוי מנהלית, תקינה ומנומקת. עניינה של העתירה בהמלצתה של וועדת איתור מקצועית שלא נפל בה רבב ושפעלה בהתאם לכל כללי המשפט המנהלי".
לעמדת מחלקת הבג"צים בפרקליטות המדינה צבר הפגמים בהליך האיתור והמינוי מצדיק את ביטולו. בפתח הדיון הקודם עדכן נציג המדינה על מידע חדש שהתקבל בסמוך לדיון, שמצריך המשך בירור על - ידי הייעוץ המשפטי לממשלה לפני נקיטת עמדה. לאחר הדיון הייעוץ המשפטי לממשלה קיים את הבירור המשלים בנושא.
המידע החדש שהתקבל שמקורו בפרסום בעיתון "כלכליסט" עסק בפרסום לגבי נציגת הציבור בוועדת האיתור. הייעוץ הסביר כי המידע החדש לגביה היה מונע את אישורה כנציגה בוועדה לו. הייעוץ התריע מקשיים משפטיים נוספים. ולכן לא תמך בעמדת הממשלה ואישר לה ייצוג פרטי.
התרעות פיקוד העורף