הדיונים באזהרות התעכבו ולכן פרסמה הוועדה בחודש ינואר 2026 דו"ח מערכתי, עוד לפני שהושלם בירור האחריות האישית של המוזהרים. הדו"ח המערכתי כלל המלצות מפורטות לדרג המדיני ולרמטכ"ל שנועדו למנוע את הליקויים החמורים שהוועדה מצאה בתהליכי קבלת החלטות בנושאים שבליבת הביטחון.
מאז מצויה הוועדה בשלב האזהרות. שלב האזהרות עוסק בבירור האחריות האישית של המוזהרים לליקויים. בשלב זה רשאים המוזהרים לקבל וללמוד את חומרי הוועדה הנוגעים לאזהרתם, להעלות את טענותיהם בפני הוועדה, לחקור עדים ולהביא ראיות.
לאחרונה ביקשו המוזהרים פרק זמן נוסף ללימוד החומרים. במסגרת ההחלטה בבקשת הארכה קבעה הוועדה שהדיונים ושמיעת העדים ייערכו בנובמבר ובדצמבר 2026. הדיונים יתנהלו בדלתיים סגורות.
לגבי המועדים, התייחסה הוועדה גם לבקשות דחייה של ראש הממשלה: "בא כוחו של ראש הממשלה טען כי נדרשת לו ארכה מאחר שבשנה האחרונה הח"מ ומשרדו לא היו יכולים להיות בקשר עם ראש הממשלה בשל כך שהוא נחקר ע"י הפרקליטות בחקירה נגדית בתיק הפלילי שלו".
הוועדה קבעה:"על אף ההחלטה לתת ארכה לכל המוזהרים, יובהר, כי אין לקבל את טענותיהם של עורכי הדין של ראש הממשלה. ראש הממשלה, בשונה מיתר המוזהרים, לא נמנה עם עדי התביעה בהליך הפלילי. לפיכך, היה באפשרותם של באי כוחו לעיין בחומרים כבר לפני 15 חודשים, באפריל 2025.
עוד נקבע כי "יתרה מכך, אף שנקבע שכל מוזהר יוכל להיות מיוצג על ידי שני עורכי דין, ב"כ של ראש הממשלה בחרו להשלים את ההליכים הנדרשים לייצוג רק עבור עו"ד אחד וגם זאת כעשרה חודשים לאחר יתר עורכי הדין. זאת, מסיבות השמורות עמם ולמרות שעתרו לבג"ץ וטענו כי הם זקוקים ליותר משני עורכי דין לייצוגו של ראש הממשלה".
בנוסף נקבע כי "אין לקבל גם את טענות ב"כ ראש הממשלה באשר לקשיים המעשיים בייצוג שהועלו רק עתה, ערב המועד למסירת רשימת העדים הפוטנציאליים. למעלה מן הצורך יוער, כי טענתו ש'בשנה האחרונה הח'מ ומשרדו לא היו יכולים להיות בקשר עם ראש הממשלה' אינה מתיישבת עם טענות אחרות שהעלה בפני הוועדה".