מנדלבליט היה גם מי שהחליט, בסופו של דבר, שלא להגיש אישומי שוחד בתיקי 1000 (המתנות) ו-2000 (שיחות נוני מוזס ונתניהו), אלא רק בסעיף של מרמה והפרת אמונים. זאת בניגוד למה שסבר פרקליט המדינה לשעבר, שי ניצן, בפרשות הללו. בנוסף במהלך המשפט, הוא ניהל מגעים להסדר טיעון עם נתניהו שלא צלחו.
ההערכה היא שנתניהו, באמצעות סנגוריו, מעוניין לעמת את מנדלבליט עם שורת נושאים - בין היתר מתן אישור היועץ המשפטי לממשלה לחקירה של ראש הממשלה, ובמיוחד לשאול את דעתו על תיק השוחד, תיק 4000, שבעיני השופטים נתקל בקשיים ראייתיים משמעותיים. סביר להניח, שהמועד שבחרה ההגנה הוא פוליטי - מתוך מחשבה שציטוטים מן האולם יקבלו תהודה גדולה ויועילו לראש הממשלה פוליטית רגע לפני ההליכה לקלפיות.
התרעות פיקוד העורף