בתשובת משרד הביטחון, לפנייה שנשלחה בתקופה שמשה יעלון היה בתפקיד אך נענתה על ידי המשרד בראשותו של אביגדור ליברמן נכתב כי השוני בין פיגועים שמבצעים יהודים כלפי ערבים ביהודים לבין כאלה שמבצעים יהודים כלפי ערבים הוא עצום - ואינו מצדיק הריסת בתים במקרה של מפגעים יהודים. היועץ המשפטי למערכת הביטחון, עורך הדין אחז בן ארי, שחתום על התשובה, את החלטת בג”ץ, שלפיה רצח אבו חדיר הוא מקרה "חריג שבחריגים. השוני עולה על כל דמיון. הפער הוא עצום. באיכות הפיגועים, בכמות ובעיקר ביחס הסביבה: גינוי תקיף מקיר לקיר במגזר היהודי, מה שאין כן בצד שכנגד".
בחודש שעבר קיבלו בני המשפחה את תשובתו השלילית של משרד הביטחון. "בבוא המפקד הצבאי לשקול את הפעלת סמכותו, עליו לבחון את האפקט ההרתעתי שתיצור ההריסה כלפי מפגעים פוטנציאליים”, נכתב בתשובה. “בהתחשב בהיקף התופעה של ביצוע פשעי איבה חמורים במגזר היהודי, הצורך בהפעלת סמכות זאת אינו מתעורר".
התרעות פיקוד העורף