אישום נוסף עניינו קבלת דבר במרמה ממוסד תורני, לו גייסו מצגר ונהגו תרומות. הרב נטל לכיסו סכום של עשרות אלפי דולרים מתוך התרומה שיועדה כולה למוסד התורני, מבלי שגילה לתורמים כי עשה כן. האישום החמישי עוסק בעבירות המס, ובו נאשם הרב מצגר, כי לא שילם מס עבור הכנסותיו מהעבירות.
באישום השישי נאשם הרב מצגר בשיבוש הליכי משפט בשתי הזדמנויות שונות, בהן פנה לעד שהפליל אותו והפציר בו לדבוק בגרסה לפיה הנאשם לא ביצע כל עבירה, בכוונה להכשיל את ההליך השיפוטי שהתנהל נגדו.