אחרי הבשורה שקיבלה המשפחה הוסיפה מצגר: "אני המומה וכואבת, אם זה המסר למי שלוקח אחריות, אתם חושבים שמישהו יחשוב לחתום על עסקת טיעון אחרי דבר כזה".
כאמור, מוקדם יותר היום שופט בית המשפט המחוזי בירושלים, משה עד הכהן, החליט בצעד נדיר לחרוג מהסדר הטיעון ולהוסיף עוד שנה בפועל לרב מצגר - מ־3.5 ל־4.5 שנים. העבירות בהן הוא הורשע הן מרמה, שוחד, הפרת אמונים ושיבוש. בהחלטתו אמר השופט כי "ההסדר אינו בקנה המידה של הראיות. יש את הכל, אז אין סיבה לגזור מאסר בפועל כל כך נמוך. אני לא מקבל את הסדר הטיעון. צריך לשקלל את המשרה הרמה והפגיעה ברבנות בעקבות המקרה".
השופט הוסיף: "לדעתי, זה היה צריך להיות שבע שנות מאסר, בין שש לתשע. זה מה שהייתי גוזר במקרה רגיל. זה הרף הנכון".
השופט השאיר על כנו גם את הקנס שעומד על מיליוני שקלים. בסוף הדיון הסתכל מצגר על עורכי דינו, והיה שרוי בתדהמה בעקבות ההחמרה. הוא נשאר לשבת באולם לאורך זמן.
מצגר הודה והורשע בביצוע עבירות של שוחד, מרמה ומס בעת שכיהן בתפקידו וכן בעבירת שיבוש מהלכי משפט. בכתב האישום המתוקן, שהוגש במסגרת הסדר, נטען כי הרב מצגר ניצל את מעמדו וקיבל שוחד בסכום כולל של חמישה מיליון שקל, שלושה מיליון מתוכם גרף לכיסו, לאחר שהתחלק בכספי השוחד עם נהגו, ששימש בלדר לכספים.
האישום הראשון עוסק ב"פרשת הגיורים", במסגרתו קיבל מצגר לכיסו טובות הנאה שמקורן בבעלי ממון תושבי חוץ אשר רצו להתגייר או לערוך בירורי יהדות, וביקשו את עצתו ועזרתו כרב הראשי לישראל.
האישום השני עוסק בפרשת "אשכול העמותות", ובו נאשם הרב מצגר כי פעל יחד עם נהגו לגיוס תורמים לעמותות, בתמורה ל"עמלה". מצגר סיכם עם בעלי העמותות כי בתמורה לפעולותיהם שלו ושל נהגו, יתנו בעלי העמותות עשרות אחוזים מן התרומות שיתקבלו בעמותות.
האישום השלישי עוסק בלקיחת שוחד על דרך של קבלת טובות הנאה שיטתית על ידי מצגר, במהלך שנות כהונתו כרב הראשי לישראל. טובות הנאה אלה קיבל במספר רב של הזדמנויות, בין היתר במסגרת אירועים פרטיים שלו, וכן כתמורה לכך שהשתתף באירועים של נותני טובות ההנאה.
התרעות פיקוד העורף