העתירה לבג"ץ הוגשה לאחר מאבק מאבק של שנים שמנהלת התנועה נגד המאגר. את המשאבים לעתירה גייסו בתנועה לזכויות דיגיטליות מציבור הגולשים אשר תרמו כ- 115 אלף ₪ בקמפיין מימון המונים שהתקיים מוקדם יותר השנה. העתירה מונה את כשלי המאגר הביומטרי ועומדת על הסכנות הצפויות, לטענת התנועה, מדליפת מידע מהמאגר לביטחון המדינה ולביטחון האישי של אזרחי ישראל. עוד נטען בעתירה כי לא נערך דיון ראוי בחלופות למאגר ולא הובררה נחיצות המאגר.
בין העותרים בועז ארד, ראש מרכז איין ראנד בישראל, אסף כץ, איש הייטק, דורון אופק, מומחה אבטחת מידע, מנהל Suse ישראל, פרופ' קרין נהון, חוקרת מידע מהמרכז הבינתחומי ואונ' וושינגטון, דורון שקמוני, איש אבטחת מידע, מייסד איגוד האינטרנט ולשעבר ארכיטקט ראשי של פרויקט ממשל זמין בממשלת ישראל וזאב גולן, עמית מחקר ראשי במכון ירושלים לחקר שווקים.
בעתירה נכתב כי המאגר "איננו ממלא תכלית נדרשת ההולמת את ערכיה של מדינה דמוקרטית. הוכח כי המאגר הביומטרי המוקם כחלק מיישום החוק אינו מסייע במניעת זיופי תעודות זהות; ליתר דיוק, לא נמצא ולו מקרה בודד בו התקיים התרחיש התיאורטי אותו המאגר אמור למנוע... אין חולק כי הנזק הצפוי מדליפה ממאגר ביומטרי כזה הוא עצום".
התרעות פיקוד העורף