הנאשמים הודו בחלק מהעבירות והמחלוקת שהייתה סביב ההרשעה ברצח אילנה נבעה, שנסיבות מותה באירוע אינן ברורות, וכן בשאלת הרשעתו של זין, שהסיע את המחבלים אך לא ירה, ברצח. זין הודה בעובדות כתב האישום, לפיהן בין היתר הוא היה זה שהסיע אותם לזירת הפיגוע וסיפק להם כלי נשק, אך טען שמעשיו מקימים עבירת סיוע בלבד ולא רצח. התביעה ביקשה מהרכב השופטים, בראשות השופטת שרה דותן, להרשיע גם אותו בארבעה סעיפי רצח וב-41 ניסיונות רצח.
נטען כי העובדה שזין הצטלם יחד עם הנאשמים הנוספים בטרם יצאו לבצע את הפיגוע מפלילה אותו. מנגד, סנגורם של ארבעת הנאשמים, עורך הדין חאלד מחאג'נה, ביקש להרשיעו בסיוע בלבד והזכיר כי זין לא היה שותף לכל ההכנות לפיגוע, בין היתר, ציין כי לא רכש את החליפות שלבשו מבצעי הפיגוע.
סוגיה נוספת שמעוררת מחלוקת היא נסיבות מותה של אילנה נבעה. בני הדודים מחאמרה, שהודו בשלושה מעשי רצח, כפרו ברציחתה של נבעה, שנסיבות מותה אינן ברורות ואשר משפחתה התנגדה לביצוע נתיחה לאחר המוות לגופתה.
בפרקליטות סבורים שהראיות הנסיבתיות וכן העובדה שמצבה הרפואי היה תקין לפני הפיגוע, מביאים למסקנה שמותה נגרם היה כתוצאה מהירי. ההגנה, לעומת זאת, טענה כי יש להוכיח קשר סיבתי בין המוות לבין מעשיהם של הנאשמים. הסנגור הגיש לבית המשפט פסיקות שונות מהעולם, הנוגעות להרשעה או אי הרשעה של נאשמים ברצח, למרות שלא הוכח שפעולה ישירה של הנאשמים הביאה למותם של הקורבנות.
בעלה של אילנה נבעה אמר לאחר מתן פסק הדין: "צריך עונש מוות למחבלים, ושירצחו אותם חיים איפה שהם נמצאים". על העובדה כי אחד השופטים בדעת המיעוט המליץ שהנאשם השלישי להרשיע רק בסיוע לרצח ציין כי "אין לי מה לצפות מבית משפט".
הדס מזרחי, אלמנתו של ברוך מזרחי נכחה גם היא בבית המשפט. "לפני שבוע וחצי עברתי משפט במחנה עופר. אני דורשת עונש מוות למחבלים, אני יודעת שאצלי המחבלים לא קיבלו אבל אני ממשיכה להילחם ללוות את אלון ועוד משפחות", אמרה מזרחי, "אנחנו נמצאים במצב מאוד קשה, המדינה סובלת מפיגועי טרור ולכן בעיני צריך עונש מוות למחבלים ובלי לגמגם להחזיר את ההרתעה".
בני הדודים מחאמרה התחזו לאנשי עסקים. זין לא השתתף בסופו של דבר בפיגוע. מכתב האישום עולה כי הסיבה לכך היא שיש לו חובות כספיים ולכן לא יוכל להיות שהיד על פי האמונה המוסלמית, אך בפרקליטות הדגישו כי "היה שותף מלא לכל התכנון ולכל המעשים".
התרעות פיקוד העורף