במהלך הדיון תהה השופט שטיין: "אם השר לא יכול להחליט, למה נתנו לו את הסמכות? היו יכולים לתת את ההחלטה על המינויים למועצה להשכלה גבוהה".
השר אקוניס, שביקש לדבר בניגוד לעמדת הפרקליטות שטענה כי עמדתו חורגת במתחם הסבירות, פתח את דבריו ואמר כי "אני מאוד מודה לכם על ההזדמנות להעמיד את הדברים על דיוקם, בצורה ישירה ושאיננה משתמעת לשתי פנים. מאז שהחלטתי לא לאשר את מינויה של פרופ' יעל אמתי, נאמרו הרבה מאוד אי דיוקים ושקרים על ידי פרופ' אמיתי וועד ראשי האוניברסיטאות".
בפתח הדיון פנו השופטים לעו"ד ענר הלמן, ראש מחלקת הבג"צים, שייצג את המדינה נגד השר אקוניס.
בסופו של דבר החליטו השופטים לאפשר לשר אקוניס לדבר ולהסביר מדוע יש לדחות את העתירה של פרופ' אמיתי ולאחר מכן החליטו להוציא על תנאי ולאפשר לשר להגיש תצהיר מטעמו. על כך אמר שר המדע כי " יש שופטים בירושלים".
התרעות פיקוד העורף