בפרשת כלי השיט, בית המשפט עמד על כך שמבחינה משפטית ההחלטה על הקמת ועדת חקירה מסורה לממשלה, והתערבותו של בית המשפט בהחלטה זו היא חריגה ונדירה. עם זאת, בית המשפט עמד על שורה של תמיהות שלא ניתנה להן תשובה, וציין כי התמונה לכאורה הנוגעת לתהליכי קבלת ההחלטות בקרב הרשויות הרלוונטיות היא מדאיגה - ולספקות אלה ראוי כי יינתן מענה ציבורי.
פרשת הצוללות
עם זאת, בית המשפט הצביע על כך שהמשטרה והיועץ המשפטי הביעו דעתם כי נחשפה התנהלות בלתי תקינה ומדאיגה "שאינה עומדת בסטנדרטים ראויים של רשות ציבורית" וכי נחשפו ליקויים המחייבים הפקת תובנות ולקחים בנוגע להליכי הרכש הביטחוני במדינה. היועץ המשפטי קבע בהחלטתו כי "שאלות כבדות משקל שעולות מהעדויות והתצהירים, ואשר נותרו לעת הזו ללא מענה, אינן מצויות לפתחה של מערכת אכיפת החוק, העוסקת אך בבירור חשדות המצויים בשדה הפלילי".
בית המשפט ציין כי מהחומר שהוצג עולה תמונה לכאורית של התנהלות בלתי תקינה ומדאיגה שאינה עומדת בסטנדרטים ראויים של מנהל תקין, וכי נחשפו ליקויים המחייבים הפקת תובנות ולקחים בנוגע להליכי הרכש הביטחוני במדינה. התמונה הלכאורית המצטיירת, כך בית המשפט, היא שצה"ל ומשרד הביטחון נדחקו הצידה, ואת מקומם תפס המל"ל; שלא נערכה עבודת מטה מסודרת; ושהתקבלו החלטות שמנוגדות לעמדתם של צה"ל ומשרד הביטחון, אשר התנגדו לרכישת צוללות נוספות.
בית המשפט הדגיש כי אף שוועדת חקירה יכולה להתאים לבירור ולבחינה של הדברים ולטיהור הספקות, וכי במישור הציבורי בחינת תהליכי קבלת ההחלטות במקרה דנן היא צעד המתיישב עם ביטחון המדינה - בית המשפט אינו יכול לספק פתרון לכל מכאוב ולכל קושיה והדברים ראויים לליבון במישור הציבורי. נושא הקמת ועדת החקירה הממלכתית, כך נקבע - עניין הוא לממשלה לענות בו; לא לבית המשפט.
שר הביטחון בני גנץ אמר לאחר ההחלטה כי "הביקורת של בג"ץ על הליקויים בתהליך רכש הצוללות וכלי השיט, והמצב שבו צה"ל ומערכת הביטחון נדחקו הצידה בתהליכי קבלת ההחלטות, מחייבים בדיקה מעמיקה של הנושא. אמשיך להוביל, יחד עם שותפיי לממשלה, את הקמת ועדת החקירה הממלכתית בהקדם".
מהתנועה נמסר: "הביקורת הנוקבת של השופטים על ראש הממשלה דאז, נתניהו, סביב אישור מכירת הצוללות למצרים ללא ידיעת מערכת הביטחון, ממחישה כי היום, ברור מתמיד כי רק ועדת חקירה ממלכתית תביא לחקר האמת ותשיב את אמון הציבור. אנו קוראים לראש הממשלה, נפתלי בנט, שכבר התחייב בעבר, ולשר המשפטים גנץ, די לגרירת הרגליים! קראו את פסק הדין והפנימו כי כל החלטה זולת ועדת חקירה ממלכתית היא פשע נגד האינטרס הציבורי. הכריזו מיד על הקמת ועדת חקירה ממלכתית בלי טריקים ובלי שטיקים".
מהתנועה לאיכות השלטון נמסר בתגובה לפסק הדין: ״בפסק דין ארוך ומנומק בית המשפט עומד על שרשרת הכשלים המחייבים בחינה ציבורית בכל הליך רכש כלי השיט, לרבות הליך קבלת החלטות עקום שהזיז הצידה את גורמי הרכש בצה"ל ובמשרד הביטחון, וקידם על פניהם את המל"ל. בכך, מחזק בית המשפט את עמדת היועמ"ש והמשטרה לפיה הנושאים מחייבים בחינה ציבורית רחבת היקף.
העתירה אמנם נדחתה אך בית המשפט מתח ביקורת חריפה על הליכי קבלת ההחלטות וקבע באופן מפורש כי הדיון הציבורי בנושא לא נשלם. התנועה לאיכות השלטון קוראת לראש הממשלה והשרים - זה הזמן לפזר את העננה העכורה מעל פרשה זו, זה הזמן להקמת ועדת חקירה ממלכתית שתשים קץ לשאלות שמטרידות גם את בית המשפט״.
פרשת המניות
עוד ציין בית המשפט שמקובלים עליו נימוקי היועמ"ש אשר התבססו על ההנחה שנתניהו אכן קיבל טובת הנאה משמעותיות ממיליקובסקי, ואולם לא נמצאה כל אינדיקציה לכך שנתניהו קיבל טובת הנאה בעד פעולה הקשורה בתפקידו, שהיא יסוד נדרש לצורך ביסוס עבירת השוחד, וכן לנוכח הקשיים הראייתיים והפרוצדורליים בניהול חקירה פלילית בעת הזו.
התרעות פיקוד העורף